23 декабря 2001 г. в Республике Саха (Якутия) проводились третьи выборы президента республики. На пост претендовали 7 кандидатов. Действующий глава региона Михаил Николаев, избранный в 1991 г. и переизбранный на второй срок в 1996 г., в выборах не участвовал. В первом туре в голосовании приняли участие 68,14% от числа зарегистрированных избирателей. Наибольшее число голосов получили президент Акционерной компании «АЛРОСА» Вячеслав Штыров (45,54%) и президент фонда САПИ (Сахаалмазпровинвест) Федот Тумусов (17%). Против всех проголосовали 7,71% избирателей, принявших участие в выборах. Во втором туре 13 января 2002 г. в голосовании приняли участие 75,54% избирателей. Президентом Республики Саха (Якутия) сроком на 5 лет был избран Вячеслав Штыров, набравший 59,25%. За его соперника Федота Тумусова было отдано 34,59% голосов. Против всех – 3,89%.
11 декабря 2004 г. президент РФ Владимир Путин подписал федеральный закон, согласно которому в России начал действовать новый порядок избрания губернаторов: главу региона по представлению президента утверждал местный законодательный орган.
7 декабря 2006 г. Вячеслав Штыров был утвержден Государственным Собранием (Ил Тумэн) Республики Саха (Якутия) по представлению президента РФ Владимира Путина на пост президента республики. 31 мая 2010 г. глава государства Дмитрий Медведев принял отставку Вячеслава Штырова по собственному желанию и подписал указ о досрочном прекращении им полномочий президента Республики Саха (Якутия).
17 июня 2010 г. Государственное Собрание Якутии наделило председателя правительства региона Егора Борисова полномочиями президента республики по представлению президента РФ.
1 июня 2012 г. вступил в силу федеральный закон, возвращающий в РФ прямые выборы глав регионов.
24 апреля 2014 г. президент России Владимир Путин принял отставку президента Республики Саха (Якутия) Егора Борисова по собственному желанию и назначил его врио главы республики.
30 апреля 2014 г. депутаты Государственного Собрания (Ил Тумэн) Республики Саха (Якутия) приняли поправки в Конституцию Республики, в соответствии с которыми институт президентства и вице-президентства были упразднены. Высшее должностное лицо республики теперь будет называться «главой республики».
14 сентября 2014 г., в единый день голосования, в республике пройдут досрочные выборы главы Республики Саха (Якутия).