В сентябре 1996 года открытие израильтянами после реставрации древнего туннеля под Храмовой горой вызвало трехдневные вооруженные столкновения между израильскими полицейскими и палестинцами. Палестинцы восприняли открытие туннеля как покушение на целостность мусульманских святынь. В ходе беспорядков палестинская полиция впервые применила оружие против израильских силовиков. В ходе беспорядков погибло 15 израильтян и 52 палестинца.
28 сентября 2000 года демонстративное посещение Храмовой горы лидером израильской партии "Ликуд" Ариэлем Шароном спровоцировало палестинское восстание ("интифада Аль- Акса"). По указанию израильского правительства, вход на Храмовую гору для немусульман был прекращен вплоть до середины 2003 года, когда положение несколько нормализовалось. В эти годы израильская полиция периодически ограничивала доступ мусульман на Храмовую гору как для жителей ПНА, так и для других граждан по возрастному цензу.
В октябре 2004 года новый виток напряженности возник в связи с болезнью главы Палестинской национальной администрации Ясира Арафата. Тогда он высказал пожелание о своем будущем захоронении на Храмовой горе, к чему резко отрицательно отнеслись власти Израиля. Чтобы избежать столкновений, израильские власти ввели в районе горы усиленные меры безопасности и разрешили посещение мечети Аль-Акса для пятничной молитвы только мусульманам старше 50 лет.
12 ноября 2004 года члены еврейской экстремистской организации "Кахане Хай" попытались проникнуть на Храмовую гору, где проходила пятничная поминальная молитва по Ясиру Арафату. Беспорядков удалось избежать благодаря действиям израильской полиции.
6 февраля 2007 года протесты мусульман вызвало начало работ по возведению нового пешеходного моста вблизи Храмовой горы. Исламские активисты опасались, что при возведении моста могут быть нанесены повреждения мечети Аль-Акса. 9 февраля после пятничной молитвы протесты переросли в стычки с полицией, в ходе которых пострадали более 30 человек с обеих сторон, более 100 человек были задержаны полицией. В рамках мер безопасности был ограничен доступ на Храмовую гору - разрешение получили лишь граждане Израиля - мужчины старше 50 лет и женщины старше 40. Работы были заморожены.
27 сентября 2009 года новый всплеск насилия произошел из-за того, что группа еврейских туристов попыталась совершить молебен на Храмовой горе в преддверие праздника Суккот (праздник Кущей). В результате начались арабские волнения в Старом городе и Восточном Иерусалиме. В ходе двухнедельных беспорядков и стычек с полицией тогда пострадали несколько десятков человек, более 80 были арестованы.
5 марта 2010 года беспорядки вспыхнули на Храмовой горе после пятничной молитвы. Верующие расценили как провокацию появление израильских полицейских у мечети Аль-Акса. По сообщению израильской стороны, легкие ранения получили 15 стражей порядка, арабские источники сообщили о 60 пострадавших палестинцев.
22 сентября 2010 года волнения на Храмовой горе вспыхнули из-за убийства палестинца израильским охранником. В ходе беспорядков пострадали трое полицейских и около 10 случайных прохожих. Арестованы 8 палестинцев, забрасывавших камнями стражей порядка.
24 февраля 2011 года израильская полиция разогнала группу палестинской молодежи, забрасывавшей камнями силовиков и молящихся евреев у подножия Храмовой горы. Для подавления беспорядков полиция применила шумовые гранаты. В стычках ранения получили 11 офицеров и более десятка манифестантов, около 40 человек были задержаны.
8 марта 2013 года израильская полиция подавила беспорядки, вспыхнувшие на Храмовой горе после пятничной молитвы. Для разгона толпы, забрасывавшей израильтян камнями и бутылками с зажигательной смесью, полицейские применили спецсредства. В результате столкновений несколько силовиков и манифестантов получили легкие ранения, пострадал также фоторепортер. Четверо зачинщиков беспорядков были арестованы.
25 февраля 2014 года сотни молодых палестинцев, вооруженных камнями и петардами, вопреки израильскому запрету, проникли на площадь Горы между двумя мечетями и напали на туристов. В результате последовавших столкновений с полицией, которая применила шумовые гранаты, пострадали несколько палестинцев. Легкие ранения получили два стража порядка, трое арабов были арестованы.
17 апреля 2014 года вспыхнули беспорядки после того, как полицейские попытались пропустить на Храмовую гору еврейских паломников и туристов. В ответ сотни арабов начали забрасывать полицейских камнями и петардами. Представитель полиции Израиля сообщил, что в ходе столкновений никто не пострадал. Согласно данным палестинской стороны, ранения получили десятки арабов.
30 октября 2014 года власти Израиля впервые с 1967 года полностью закрыли мечеть Аль-Акса после покушения в Иерусалиме на радикального раввина Йехуду Глика, который неоднократно призывал евреев молиться на Храмовой горе. 2 ноября запрет был снят.
5 ноября 2014 года вновь произошли столкновения между палестинцами и израильскими полицейскими на Храмовой горе после того, как на там появились несколько десятков еврейских активистов, чтобы отметить неделю с момента покушения на Йехуду Глика. По данным палестинской стороны, в столкновениях пострадали 20 арабов, один из них ранен тяжело. Сообщается, что ранения получил также один израильский полицейский.