3 декабря 2000 г. состоялись очередные выборы губернатора Архангельской области. Срок полномочий главы региона составлял четыре года. На пост баллотировались три кандидата, однако ни один из них не набрал необходимое для победы число голосов (более половины голосов избирателей, отданных за всех кандидатов). В связи с этим на 17 декабря того же года был назначен второй тур голосования. В нем приняли участие действующий с 1996 г. губернатор области Анатолий Ефремов (49,70% голосов в первом туре) и бывший председатель областного правительства, заведующий кафедрой Поморского государственного университета Николай Малаков (34,26% в первом туре). По итогам голосования 17 декабря победу одержал Анатолий Ефремов, за которого отдали голоса 58,50% избирателей, за Николая Малакова - 31,59%. Против всех проголосовали 8,85%; явка составила 36,50%.
14 марта 2004 г. состоялись очередные выборы губернатора Архангельской области (срок полномочий - 4 года), которые проходили одновременно с выборами президента России. В них приняли участие 8 кандидатов. Поскольку никто из них не набрал более половины голосов избирателей, на 28 марта было назначено повторное голосование по двум кандидатам, получившим наибольшее число голосов: гендиректор архангельского ОАО "Молоко" Николай Киселев (44,99%) и действующий глава области Анатолий Ефремов (26,47%). Против всех на выборах 14 марта высказались 14,80% избирателей, явка составила 61,27%. В результате повторного голосования 28 марта губернатором был избран Николай Киселев, за которого отдали голоса 75,04%. Анатолий Ефремов получил 17,54%. Против всех проголосовали 6,86%. В выборах приняли участие 45,31% избирателей.
11 декабря 2004 г. президент РФ Владимир Путин подписал федеральный закон, согласно которому в России начал действовать новый порядок избрания губернаторов: главу региона по представлению президента утверждал местный законодательный орган.
19 марта 2008 г. депутаты Архангельского областного собрания по представлению президента РФ Владимира Путина утвердили на посту главы администрации области бывшего мэра Якутска Илью Михальчука (вступил в должность 18 апреля). 13 января 2012 г. президент РФ Дмитрий Медведев подписал указ о досрочном прекращении полномочий Ильи Михальчука. Врио главы региона был назначен первый заместитель исполнительного директора ООО "Автотор Холдинг" Игорь Орлов. 3 февраля 2012 г. Архангельским областным собранием депутатов он был наделен полномочиями губернатора области и в тот же день вступил в должность.
1 июня 2012 г. вступил в силу федеральный закон, возвращающий в РФ прямые выборы глав регионов.
22 мая 2015 г. президент РФ Владимир Путин принял досрочную отставку главы Архангельской области Игоря Орлова по собственному желанию и назначил его временно исполняющим обязанности главы региона.
В единый день голосования 13 сентября 2015 г. в Архангельской области пройдут досрочные выборы губернатора. Он избирается сроком на пять лет и не может замещать указанную должность более двух сроков подряд. Кандидаты выдвигаются политическими партиями и их региональными отделениями. Для регистрации претенденту на пост руководителя региона необходимо преодолеть так называемый "муниципальный фильтр" - собрать в свою поддержку не менее 8% подписей муниципальных глав и депутатов.