29 июля 2001 г. в Иркутской области состоялись очередные выборы губернатора. Срок полномочий главы региона составлял четыре года. На должность губернатора Иркутской области претендовали 7 кандидатов, однако ни один из них не набрал необходимое для победы число голосов (более половины голосов избирателей, отданных за всех кандидатов). Первые два места по итогам голосования заняли действующий губернатор области Борис Говорин (45,05%) и Сергей Левченко, депутат Государственной думы РФ от Коммунистической партии РФ (23,93%). Против всех проголосовали 7,46% избирателей. Явка составила 36,53%. 19 августа 2001 г. прошел второй тур выборов. По его итогам 19 августа победу с результатом 47,63% голосов избирателей одержал Борис Говорин, его соперник Сергей Левченко набрал 45,26%. Против всех проголосовали 5,57% избирателей. Явка составила 37,36%.
11 декабря 2004 г. президент РФ Владимир Путин подписал федеральный закон, согласно которому в России начал действовать новый порядок избрания губернаторов: главу региона по представлению президента утверждал местный законодательный орган.
8 сентября 2005 г. Александр Тишанин, работавший ранее начальником Восточно-Сибирской железной дороги, официально вступил в должность губернатора Иркутской области. Накануне его кандидатура была предложена главой государства и утверждена Законодательным собранием региона большинством голосов депутатов. 15 апреля 2008 г. президент РФ Владимир Путин принял отставку Александра Тишанина "по собственному желанию" и назначил первого заместителя председателя Комитета по промышленности Госдумы РФ Игоря Есиповского временно исполняющим обязанности губернатора Иркутской области.
21 ноября 2008 г. президент РФ Дмитрий Медведев внес кандидатуру Игоря Есиповского в Законодательное собрание региона для утверждения в должности губернатора Иркутской области. На следующий день большинством голосов депутаты наделили его полномочиями главы области. 13 декабря Игорь Есиповский официально вступил в должность. 10 мая 2009 г. он погиб в авиакатастрофе, указом президента РФ Дмитрия Медведева временно исполняющим обязанности главы региона был назначен первый заместитель председателя правительства Иркутской области Сергей Сокол.
8 июня 2009 г. Дмитрий Мезенцев по представлению президента РФ Дмитрия Медведева был единогласно утвержден в должности губернатора Иркутской области депутатами Законодательного собрания региона. До своего назначения он занимал пост заместителя председателя Совета Федерации Федерального Собрания РФ. 18 мая 2012 г. Мезенцев ушел в отставку с поста губернатора Иркутской области с формулировкой "по собственному желанию". В тот же день указом президента РФ Владимира Путина исполняющим обязанности губернатора Иркутской области был назначен Сергей Ерощенко.
29 мая 2012 г. на внеочередной сессии Законодательного собрания Иркутской области депутаты большинством голосов утвердили Сергея Ерощенко в должности губернатора региона. Тут же, на сессии, он принес присягу и вступил в должность главы Иркутской области. 13 мая 2015 г. президент РФ Владимир Путин принял досрочную отставку Сергея Ерощенко по собственному желанию и назначил его временно исполняющим обязанности главы региона.
1 июня 2012 г. вступил в силу федеральный закон, возвращающий в РФ прямые выборы глав регионов.
В единый день голосования 13 сентября 2015 г. в Иркутской области пройдут выборы губернатора. Он избирается сроком на четыре года и не может замещать указанную должность более двух сроков подряд. Кандидаты выдвигаются политическими партиями и их региональными отделениями. Для регистрации претенденту на пост руководителя региона необходимо преодолеть так называемый "муниципальный фильтр" - собрать в свою поддержку не менее 5% подписей муниципальных глав и депутатов.