В июне 2003 года Генпрокуратура РФ возбудила уголовное дело по факту незаконной приватизации мурманского ОАО "Апатит" после запроса депутата Госдумы Владимира Юдина.
2 июля 2003 года по данному делу был задержан глава МФО "МЕНАТЕП" и совладелец НК "ЮКОС" Платон Лебедев, находившийся на лечении в госпитале имени Вишневского. В тот же день Басманный суд Москвы выдал санкцию на арест Лебедева и ему были предъявлены обвинения по статьям Уголовного кодекса РФ: "хищение чужого имущества, путем обмана, в составе организованной группы, в крупном размере"; "злостное неисполнение вступившего в законную силу решения суда представителями коммерческой организации"; "причинение имущественного ущерба собственникам путем обмана при отсутствии признаков хищения, совершенное организованной группой, в крупном размере".
Позднее ему были также предъявлены обвинения в уклонении от уплаты налогов с организации в особо крупном размере, уклонении от уплаты налога физическим лицом, в подделке официальных документов, растрате чужого имущества организованной группой в крупном размере.
8 июня 2004 года Мещанский районный суд Москвы принял решение об объединении уголовных дел в отношении Лебедева и экс-главы НК "ЮКОС" Михаила Ходорковского, задержанного в октябре 2003 г.
31 мая 2005 года Мещанский суд Москвы признал обоих топ-менеджеров виновными по шести статьям УК РФ и приговорил каждого к 9 годам лишения свободы.
22 сентября 2005 года кассационным определением Московского городского суда срок наказания был снижен до 8 лет. Лебедев был этапирован в колонию поселка Харп Ямало-Ненецкого АО.
5 февраля 2007 года в отношении Лебедева и Ходорковского было возбуждено второе уголовное дело, в рамках которого им были предъявлены обвинения в хищении около 200 млн тонн нефти и отмывании денег /"хищение путем присвоения" и "легализация /отмывание/ денежных средств или иного имущества, полученных преступным путем"/. По данным следствия, обвиняемые в составе организованной группы похитили акции дочерних обществ ОАО "Восточная нефтяная компания" на сумму 3,6 млрд рублей. Кроме того, были легализованы похищенные на эту же сумму акции дочерних обществ ОАО "Восточная нефтяная компания". Также они совершили хищение путем присвоения нефти дочерних акционерных обществ ОАО "НК "ЮКОС", нефти ОАО "Самаранефтегаз", ОАО "Юганскнефтегаз" и ОАО "Томскнефть" ВНК на сумму более 892,4 млрд рублей и легализацию части этих средств в размере 487,4 млрд рублей и 7,5 млрд долларов.
В октябре 2007 года Европейский суд по правам человека /ЕСПЧ/ удовлетворил жалобу Лебедева, выявив ряд процессуальных нарушений. Решение ЕСПЧ вступило в силу в июле 2008 года. Россия была оштрафована на 10 тыс. евро.
31 марта 2009 года в Хамовническом суде Москвы начались слушания по второму уголовному делу.
23 декабря 2009 года президиум Верховного суда РФ признал незаконным арест Платона Лебедева в рамках первого уголовного дела и постановил восстановить производство из-за новых обстоятельств.
30 декабря 2010 года суд приговорил Лебедева и Ходорковского к 13,5 годам колонии общего режима. С учетом того, что они не отбыли полгода наказания по первому делу, окончательно суд определил срок наказания в 14 лет лишения свободы каждому. С учетом первого приговора и проведенного в заключении времени их срок заключения истекал в 2017 году.
Мосгорсуд 24 мая 2011 года снизил срок наказания на один год. В июне Лебедев был этапирован в исправительную колонию в г. Вельск /Архангельская область/.
27 июля 2011 года Вельский суд Архангельской области отказал в условно-досрочном освобождении Платону Лебедеву.
Дважды /в августе и ноябре 2012 года/ Вельский районный суд принимал решение о сокращения срока Лебедеву. Однако Архангельский областной суд также дважды /в сентябре и декабре 2012 года/ отменял эти решения.
20 декабря 2012 года президиум Мосгорсуда смягчил наказание Лебедеву до 11 лет лишения свободы в связи с либерализацией Уголовного кодекса РФ. 6 августа 2013 года Верховный суд РФ сократил этот срок на 2 месяца.
20 марта 2013 года президиум Архангельского областного суда вновь отказал Платону Лебедеву в условно-досрочном освобождении.
25 июля 2013 года в Страсбурге ЕСПЧ не признал дело экс-руководителя МФО "МЕНАТЕП" Платона Лебедева политически мотивированным.
20 декабря 2013 года президент РФ Владимир Путин подписал указ о помиловании Михаилу Ходорковского.
23 января 2014 года Верховный суд РФ смягчил наказание бывшему руководителю МЕНАТЕПа Платону Лебедеву до 10 лет 6 месяцев и 22 дней, то есть до фактически отбытого. Таким образом, была частично удовлетворена надзорная жалоба защиты, а также представление Генпрокуратуры РФ.