Все новости

Местные виды флоры и фауны Крыма впервые начали изучать с использованием суперкомпьютера

Первые исследования уже проведены, проанализирован геном черноморских мидий

СЕВАСТОПОЛЬ, 3 февраля. /ТАСС/. Ученые Севастопольского государственного университета планируют первыми изучить встречающиеся только в Крыму виды животных и растений, применяя методы биоинформатики. Первые исследования уже проведены, проанализирован геном черноморских мидий, сообщила ТАСС директор центра коллективного пользования "Молекулярная структура вещества" Анастасия Лантушенко.

"Методы биоинформатики для работы с геномами различных организмов в мире уже применяют, однако мы и наши коллеги из Института биологии южных морей РАН впервые применили их к черноморским мидиям - мы анализировали, как гипоксия влияет на жизнедеятельность морских организмов. Работу мы продолжим и дальше - есть новые запросы по сотрудничеству от ИнБЮМ, предложения от Никитского ботанического сада. Планируем также изучать автохтонные сорта винограда (уникальные, растущие только в определенном регионе сорта - прим. ТАСС)", - рассказала ученый.

Она пояснила, что объем генома достаточно велик - в среднем, он составляет около одного терабайта информации.

"Изучить всю цепочку генома сразу и быстро пока невозможно - техника и технологии этого не позволяют. Поэтому сначала его нужно разделить на отдельные фрагменты, проанализировать каждый из них, а потом, используя методы информатики, собрать заново в правильной последовательности. Задача нетривиальная: работа над первым проектом, касающимся марикультур, заняла у нас несколько месяцев - и для работы с такими большими объемами данных понадобились мощности суперкомпьютера", - уточнила Лантушенко.

По ее словам, проанализировав данные генома, ученые могут составить генетический "портрет" изучаемого объекта - бактерии, виноградной лозы, моллюска и т. д. При этом они не только увидят, какие гены есть у объекта исследования в общем, но и более конкретную информацию: какие элементы генома использовались чаще, какие - реже. В результате исследователи могут установить и то, какие факторы и как именно влияли на развитие выбранного существа или растения.

"Такие исследования могут быть востребованы, если нужно определить, как на растение влияют условия произрастания - например, посадили лозу в определенном месте, урожай будет только через три года, а методы биоинформатики позволят получить данные о ее потенциале более оперативно. Можно оценить шансы вида на адаптацию в новом регионе: например, если кто-то захочет производить в Крыму дальневосточные аквакультуры", - добавила собеседница агентства.