Первые дипломатические контакты между Ватиканом и Россией зафиксированы в середине XV века. Наиболее известной попыткой было посольство иезуита о. Антонио Поссевино к царю Ивану IV Грозному.
Вплоть до конца XVIII века посольства, направлявшиеся папами в Россию, вели переговоры с царями по вопросам, связанным и с религией и политикой. В частности, речь шла о возможности совместного противостояния туркам и татарам, снижении напряженности между Россией и Польшей.
Первая нунциатура (дипломатическая миссия Ватикана, аналог посольства) на территории России была основана в июне 1783 года.
В течение десятилетий в Петербурге побывали несколько представителей католической церкви, которых официально называли "послами папы римского при российском дворе".
Россия направляла свои делегации в Ватикан со времен правления Екатерины II (1762-1796 гг.) вплоть до Октябрьской революции 1917 года. В 1801 году при папском дворе была открыта русская миссия, работа которой на протяжении XIX и в начале XX несколько раз прерывалась из-за политической ситуации.
Первые соглашения
В декабре 1845 года папа Григорий XVI впервые принял императора Николая I. Состоялось две встречи (13 и 15 декабря). Николай I был единственным из российских императоров, встречавшийся в папой. Павел I, Александр II и Николай II посещали Апостольский дворец будучи наследниками-цесаревичами.
Разговор шел о судьбах католиков, проживающих на территории Российской империи, и о возможности назначения новых епископов для окормления церкви в России. Итогом встречи стал конкордат (соглашение между папой римским и каким-либо государством), подписанный 3 августа 1847 года.
Отношения между Россией и папским престолом всегда были непростыми. После раздела Польши в конце XVIII века численность католического населения в России значительно увеличилась. В начале 1867 года, в результате восстания в Польше, когда местное духовенство поддержало протестующих, дипломатические отношения были официально прерваны. Чуть ранее, 4 декабря 1866 года, Россия в одностороннем порядке отказалась признавать действительность конкордата.
В восьмидесятые годы XIX столетия стороны подписали новое соглашение, в котором были повторены некоторые пункты конкордата 1847 года.
Отношения во времена СССР
После Октябрьской революции Ватикан несколько раз пытался наладить сотрудничество с коммунистами. 15 марта 1922 года было подписано разрешение на работу на советской территории "Миссии помощи", созданной Ватиканом. Миссия начала работу в Крыму, позднее ее деятельность распространилась на крупные города, в том числе Москву, Краснодар, Ростов-на-Дону и Оренбург. Однако в 1923 году в СССР начали ограничивать работу иностранных благотворительных организаций, усилилась и антирелигиозная кампания. В итоге сотрудники миссии покинули СССР и до 1960-х гг. никаких контактов между Москвой и Ватиканом не было.
Ситуация начала меняться во времена хрущевской оттепели, совпавшие с понтификатом Иоанна XXIII (1958-1963 гг.). 25 ноября 1961 года среди сотен поздравительных телеграмм от глав государств с 80-летием папа получил поздравление от первого секретаря ЦК КПСС Никиты Хрущева. 7 марта 1963 года Иоанн XXIII принял на частной аудиенции дочь Хрущева Раду и ее мужа Алексея Аджубея, редактора газеты "Известия". Также Иоанн XXIII и Никита Хрущев обменялись письмами. В своем послании папа, в частности, отметил, что рад успехам советской космонавтики. "Я часто молюсь о них", - написал он.
30 января 1967 года в Ватикан впервые с официальным визитом прибыл председатель президиума Верховного Совета СССР Николай Подгорный. Несколько раз встречался с папами римскими Павлом VI и Иоанном Павлом II министр иностранных дел СССР Андрей Громыко. Встречи проходили в Нью-Йорке и в Ватикане. Их результатами стало незначительное смягчение политики советского государства в отношении религии вообще и католической церкви в частности.
В 1970-80-е годы несколько раз Москву посещал секретарь Отдела сношений с государствами архиепископ (позднее кардинал) Агостино Казароли. Особое значение имел последний визит, состоявшийся в связи с празднованием 1000-летия Крещения Руси в июне 1988 г. Кардинал Казароли был председателем делегации Ватикана и был принят генсеком ЦК КПСС Михаилом Горбачевым.
Будучи главой советского государства, Горбачев дважды встречался с папой Иоанном Павлом II в Ватикане (1989 и 1990 гг). В 1990 году были восстановлены официальные дипломатические отношения между Москвой и Ватиканом.
После распада СССР Ватикан признал независимость и суверенитет РФ. С этого момента президенты России посещали Ватикан семь раз. Визит президента Владимира Путина 10 июня 2015 года - восьмой. Как правило, вместе с вопросами гуманитарного сотрудничества в ходе этих встреч обсуждаются актуальные политические темы - от гонки вооружений до конфликтов на Ближнем Востоке.