Высшим должностным лицом региона, возглавляющим исполнительный орган государственной власти края - правительство, является губернатор, срок полномочий которого составляет 5 лет.
24 октября 1991 года указом президента РФ главой администрации края был назначен Виктор Ишаев.
Первые выборы главы администрации Хабаровского края прошли 8 декабря 1996 года. В соответствии с законом о выборах, глава администрации края избирался сроком на 4 года. Избранным считался кандидат, набравший наибольшее число голосов избирателей, порог явки законом о выборах не устанавливался. В выборах приняли участие 6 кандидатов. Победу одержал Виктор Ишаев, получивший 76,93 процента голосов избирателей. Против всех проголосовали 6,24 процента, явка избирателей составила 48,23 процента.
На выборах 10 декабря 2000 года был установлен порог явки избирателей - 25 процентов, для победы на выборах одному из претендентов было необходимо набрать более 50 процентов голосов избирателей. На пост главы администрации края претендовали два кандидата: действующий глава администрации Виктор Ишаев и генеральный директор АО "Персонал-сервис" Светлана Жукова. Победу одержал действующий глава региона, который получил 87,84 процента голосов. Явка избирателей составила 47,02 процента, против всех проголосовали 4,28 процента.
Очередные выборы состоялись 19 декабря 2004 года. В июле 2002 года Конституционный суд России подтвердил право ряда глав субъектов РФ избираться на третий срок. Это позволило Виктору Ишаеву вновь идти на выборы губернатора Хабаровского края. В соответствии с Избирательным кодексом края, выборы губернатора считались состоявшимися, если в них приняли участие не менее 20 процентов от числа избирателей, внесенных в списки избирателей. Избранным считался кандидат, набравший более 50 процентов голосов. На пост губернатора претендовали пять человек. Победу на выборах вновь одержал Виктор Ишаев (85,34 процента голосов). Против всех проголосовали 5,69 процента. Явка избирателей составила 48,86 процента.
В декабре 2004 вступил в силу новый порядок избрания глав регионов - по представлению президента РФ их стал утверждать местный парламент. 9 июля 2007 года Законодательная Дума Хабаровского края наделила Виктора Ишаева полномочиями губернатора на новый срок. Его кандидатуру досрочно внес на рассмотрение думы президент РФ Владимир Путин 5 июля.
30 апреля 2009 года Виктор Ишаев указом президента Дмитрия Медведева был назначен полпредом президента в Дальневосточном федеральном округе, а исполняющим обязанности губернатора стал Вячеслав Шпорт, ранее занимавший пост заместителя председателя правительства - министра промышленности, транспорта и связи Хабаровского края. 6 мая 2009 год Законодательная Дума края утвердила его в должности сроком на 4 года.
В декабре 2010 года краевая дума увеличила срок полномочий губернатора с 4-х лет до 5-ти.
30 апреля 2013 года полномочия Шпорта истекли, однако указом президента РФ Владимира Путина он был назначен временно исполняющим обязанности главы региона.
1 июля 2012 года вступил в силу федеральный закон, возвращающий прямые выборы глав регионов.
Выборы губернатора в Хабаровском крае пройдут 8 сентября 2013 года, в единый день голосования.
Согласно краевому Избирательному кодексу, кандидаты выдвигаются только политическими партиями, имеющими в соответствии с федеральными законами право участвовать в выборах, при этом кандидатам не обязательно быть членом какой-либо партии. Самовыдвижение кандидатов не предусмотрено. Избранным считается кандидат, получивший более 50 процентов голосов избирателей.
Для регистрации кандидат должен собрать в свою пользу не менее 8 процентов подписей депутатов и глав муниципальных образований. 8 сентября в выборах примут участие четыре кандидата: Сергей Фургал от ЛДПР, Вячеслав Шпорт от "Единой России", Сергей Ящук от Справедливой России и Виктор Постников от КПРФ.