В первом Кубке африканских наций, который прошел в Хартуме (Судан) в 1957 году, приняли участие всего три команды: страны-хозяйки, а также сборные Египта и Эфиопии. Сборная ЮАР должна была стать четвертым участником турнира, но решила бойкотировать турнир, поскольку Африканская конфедерация футбола не позволила ей отправить на соревнования команду, составленную либо только из белых, либо только из афроамериканских игроков.
В 1974 году для выявления чемпиона впервые в истории Кубка африканских наций понадобилась переигровка. Первая игра между сборными Заира (в настоящее время государство носит название Демократическая республика Конго) и Замбии завершилась вничью (2:2), во второй встрече команда Заира одержала победу, завоевав первый в своей истории титул.
С 1965 по 1982 год на Кубках Африки действовало правило, согласно которому в каждой из команд могли играть не более двух футболистов, выступающих в неафриканских клубах.
В 1986 году за неделю до старта Кубка Африки в Египте после бунта призывников был введен комендантский час. Угроза отмены турнира сошла на нет. Для обеспечения безопасности и предотвращения беспорядков вокруг стадионов дежурили солдаты на танках и другой военной технике.
В 1996 году число участников турнира было расширено с 12 до 16 команд. Изначально Кубок Африки должен был пройти в Кении, но страна отказалась от права его проведения из-за нехватки средств. Соревнования прошли в ЮАР. Сборная Нигерии снялась с турнира за несколько дней до первого матча. Официальная причина такого решения — соображения безопасности.
Ливия дважды лишалась права проведения Кубка африканских наций из-за военных действий в стране. Изначально страна должна была принять турнир в 2013 году, но из-за гражданской войны это право перешло к ЮАР. Взамен ливийцам был передан турнир-2017 — из-за вооруженных столкновений Африканская конфедерация футбола передала статус хозяина турнира Габону.
Кубок африканских наций 2015 года должен был проводиться в Марокко, но власти страны отказались от проведения турнира в октябре 2014 года (около трех месяцев до первого матча соревнований) из-за эпидемии лихорадки Эбола. В итоге турнир прошел в Экваториальной Гвинее.
