Родился 7 апреля 1952 г. в Москве. Отец - советский писатель-фантаст, автор научно-популярных книг об ученых Александр Шаров (настоящее имя - Шера Нюренберг, 1909-1984).

В 1969-1970 гг. учился в Московском институте народного хозяйства им. Г. В. Плеханова (ныне - Российский экономический университет), но был вынужден отчислиться после участия в студенческой забастовке. В 1977 г. заочно окончил исторический факультет Воронежского государственного университета.

Кандидат исторических наук. В 1984 г. в Государственном историко-архивном институте (ныне - Российский государственный гуманитарный университет, Москва) защитил диссертацию на тему "Проблемы социальной и политической истории России второй половины XVI - начала XVII вв. в трудах С. Ф. Платонова".

Был грузчиком, рабочим в археологической партии, литературным секретарем.
В 1979 г. дебютировал как поэт в журнале "Новый мир", впоследствии также публиковал стихи в журнале "Сельская молодежь" и альманахах. Автор поэтических сборников "Стихи" (1996) и "Рама Воды" (2016).
Первый роман Владимира Шарова, "След в след. Хроника одного рода в мыслях, комментариях и основных датах", был опубликован в журнале "Урал" в 1991 г.
Всего написал девять романов: "Репетиции" (1992, журнал "Нева"), "До и во время" (1993 "Новый мир"), "Мне ли не пожалеть…" (1995, здесь и далее - журнале "Знамя"), "Старая девочка" (1998), "Воскрешение Лазаря" (2002), "Будьте как дети" (2008), "Возвращение в Египет" (2013). В 2018 г. был опубликован последний роман Владимира Шарова - "Царство Агамемнона", посвященный семье философа и монаха Николая Жестовского.
Автор ряда эссе. Их сборник "Искушение Революцией (Русская верховная власть)" опубликован в 2009 г.
Получил известность как мастер интеллектуальной провокации за приравнивание большевизма к православию.
Произведения Владимира Шарова переведены на английский, болгарский, итальянский, китайский, французский, чешский и др. языки.
В 1990-х гг. читал лекции за рубежом, в том числе в Гарвардском университете (США).

За роман "Возвращение в Египет" был награжден литературной премией "Русский Букер" (2014). За это же произведение получил третий приз национальной литературной премии "Большая книга" (2014) и стал финалистом премии "Национальный бестселлер" (2014). Был неоднократно удостоен премии журнала "Знамя".