В 1989 г. окончил Пушкинское высшее военное училище радиоэлектроники противовоздушной обороны (ныне Пушкинское высшее военное училище радиоэлектроники ПВО им. маршала авиации Е. Я. Савицкого, г. Пушкин в составе Санкт-Петербурга), в 2000 г. - Военный университет войсковой ПВО Вооруженных сил (ВС) РФ (ныне Военная академия войсковой ПВО ВС РФ им. Маршала Советского Союза А. М. Василевского, Смоленск). В 2010 г. стал выпускником Военной академии Генерального штаба ВС РФ (Москва).
Начал службу начальником расчета отделения боевого управления группы зенитных ракетных дивизионов корпуса ПВО. В июле 2017 г. был назначен командующим армией ВВС и ПВО Восточного военного округа, в августе 2018 г. получил назначение на должность начальника Главного штаба Воздушно-космических сил (ВКС) России - первого заместителя главнокомандующего ВКС РФ.
В 2020 г. являлся временно исполняющим обязанности главнокомандующего ВКС РФ.
20 октября 2023 г. источник, близкий к Воздушно-космическим силам России (ВКС РФ), сообщил ТАСС, что генерал-полковник Виктор Афзалов стал новым главнокомандующим ВКС РФ. Ранее этот пост занимал генерал армии Сергей Суровикин.
В декабре того же года был включен в список физических лиц, на которых распространяются санкции Евросоюза.
Генерал-полковник (2022).
Среди наград - ордена Александра Невского, "За военные заслуги".