Родился 13 ноября 1952 г. в селе Сутбук Дахадаевского района Дагестанской АССР.
В 1974 г. окончил Дагестанский государственный университет им. В.И. Ленина по специальности "биология". В 1977 г. - аспирантуру биологического факультета Московского государственного университета (МГУ) им. М.В. Ломоносова.
Кандидат биологических наук. В 1978 г. на биологическом факультете МГУ им. М.В. Ломоносова защитил диссертацию по теме "Растительность Северо-Осетинского государственного заповедника".
В 1978–1983 гг. работал старшим научным сотрудником, заместителем директора по научной работе Северо-Осетинского заповедника (г. Алагир).
С 1983 г. по 1992 г. занимал должности ученого секретаря, затем директора Центральной научно-исследовательской лаборатории охотничьего хозяйства и заповедников при Совете министров РСФСР (г. Москва).
В мае-июне 1992 г. - начальник Главного управления биологических ресурсов Министерства экологии и природных ресурсов РФ.
В июне-сентябре 1992 г. - заместитель министра экологии и природных ресурсов РФ Виктора Данилова-Данильяна. 30 сентября 1992 г. ведомство преобразовано в Министерство охраны окружающей среды и природных ресурсов РФ, Амирхан Амирханов назначен заместителем министра. Занимал должность до 1996 г.
В 1996–2000 гг. - заместитель председателя Государственного комитета РФ по охране окружающей среды Виктора Данилова-Данильяна (ведомство образовано 14 августа 1996 г. в результате разделения Министерства охраны окружающей среды и природных ресурсов РФ на Министерство природных ресурсов и Госкомитет по охране окружающей среды).
С 2000 г. по 2010 г. занимал различные должности в Министерстве природных ресурсов (МПР) РФ. В 2000–2001 гг. - руководитель Департамента охраны окружающей среды и экологической безопасности; в 2001–2002 гг. возглавлял Департамент государственной экологической экспертизы и нормирования качества окружающей природной среды, в 2002-2004 гг. - Департамент особо охраняемых природных территорий, объектов и сохранения биоразнообразия; в феврале-августе 2004 г. – Департамент государственной экологической политики МПР России, был членом коллегии министерства. В 2004–2008 гг. работал заместителем директора Департамента государственной политики в сфере охраны окружающей среды. С 2008 по 2010 г. - заместитель директора Департамента государственной политики и регулирования в сфере охраны окружающей среды и экологической безопасности Минприроды России.
С 9 декабря 2010 г. по 27 декабря 2021 г. - заместитель руководителя Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Росприроднадзор). В 2014-2015 гг., а также с 2 июля по 24 декабря 2018 г. временно исполнял обязанности руководителя Росприроднадзора.
Согласно опубликованной декларации о доходах и расходах, в 2013 г. заработал 1 млн 508 тыс. руб., супруга – 1 млн 412 тыс. руб.
Действительный государственный советник РФ II класса (2013).
Награжден орденом Почета (2008). Отмечен почетной грамотой правительства РФ (2011).
Заслуженный эколог Российской Федерации (2003).