Родилась 16 июля 1974 г. п. Витим Ленского района Якутской АССР.
В 1996 г. окончила Красноярский государственный университет по специальности "правоведение" с присвоением квалификации "юрист".
С 1995 по 2002 г. работала в администрации г. Красноярска — ведущий специалист, главный специалист, начальник отдела юридического управления, заместитель начальника главного контрольно-правового управления.
С 2002 по 2010 г. трудилась в Минэкономразвития России, где занимала должности заместителя начальника отдела, заместителя начальника управления государственной службы, заместителя директора департамента государственного регулирования в экономике, заместителя директора департамента развития малого бизнеса.
В ноябре 2010 г. была назначена заместителем руководителя Федеральной службы государственной регистрации, кадастра и картографии (Росреестр) — заместителем главного государственного регистратора РФ.
С 9 октября по 29 ноября 2012 г. — врио руководителя Росреестра. 29 ноября 2012 г. назначена руководителем Федеральной службы государственной регистрации, кадастра и картографии — главным государственным регистратором РФ. Покинула этот пост 28 марта 2014 г.
С 30 апреля 2014 г. заместитель, с 22 сентября 2015 г. по 14 декабря 2018 г. - статс-секретарь - заместитель министра строительства и жилищно-коммунального хозяйства РФ. Главой Минстроя в этот период были Михаил Мень, с мая 2018 г. - Владимир Якушев. Наталья Антипина в ведомстве курировала разрешительную деятельность в строительстве и оказание госуслуг.
29 июля 2016 г. распоряжением правительства РФ Антипиной было объявлено замечание "за ненадлежащее исполнение возложенных на нее должностных обязанностей".
Действительный государственный советник РФ II класса.
Награждена медалью ордена "За заслуги перед отечеством" II степени (2011).