Родился 2 января 1964 г. в г. Баку Азербайджанской ССР (ныне Азербайджанская Республика) в семье военнослужащего. С 1966 г. проживает на Украине.
В 1988 г. окончил Харьковский политехнический институт (ныне Национальный технический университет "Харьковский политехнический институт") по специальности "инженер-системотехник".
В 1981-1982 гг. работал на кафедре "Автоматизированные системы управления" Харьковского политехнического института. С 1988 г. - инженер во Всесоюзном научно-исследовательском институте охраны вод в Харькове.
С начала 1990-х гг. занимался бизнесом, был учредителем и руководителем АО "Инвестор" и банка "Базис".
В 2002 г. избран членом исполнительного комитета Харьковского городского совета.
В 2004 г. во время президентской избирательной кампании на Украине был заместителем руководителя штаба кандидата на пост президента Виктора Ющенко в Харькове. Занимал также пост первого заместителя председателя регионального Комитета национального спасения.
После победы Виктора Ющенко на выборах Арсен Аваков 5 февраля 2005 г. возглавил Харьковскую областную государственную администрацию. С мая 2007 г. по январь 2008 г. был членом Совета национальной безопасности и обороны Украины.
В 2009 г. стал руководителем областной организации общественного движения "За Украину!"
В январе 2010 г. перед вторым туром президентских выборов поддержал кандидатуру Юлии Тимошенко. 3 февраля 2010 г. депутаты Харьковского облсовета вынесли ему вотум недоверия "за использование административного ресурса во время подготовки ко второму туру президентских выборов". Вопрос о недоверии губернатору был внесен фракцией Партии регионов, лидером которой являлся соперник Тимошенко по второму туру Виктор Янукович. 5 февраля президент Украины Виктор Ющенко подписал указ об отставке Авакова, так как за это решение, согласно законодательству, проголосовало более двух третей депутатов. Аваков назвал указ Ющенко незаконным. Однако 9 февраля 2010 г. после победы Виктора Януковича на президентских выборах он сам подал в отставку с поста губернатора.
В апреле 2010 г. вступил в партию Юлии Тимошенко "Батькивщина" и возглавил ее харьковскую областную организацию. До августа 2014 г. являлся членом политсовета партии. В октябре 2010 г. от "Батькивщины" принимал участие в выборах Харьковского городского главы, но проиграл их с результатом 29,46% голосов и. о. мэра Харькова Геннадию Кернесу (30,09%), после чего уехал в Италию.
В январе 2012 г. украинская прокуратура возбудила против Арсена Авакова уголовное дело по ст. 365 Уголовного кодекса Украины за превышение должностных полномочий. Его обвинили в незаконной передаче в частную собственность 55 га государственных земель в Харьковской области стоимостью свыше 5,5 млн гривен. 21 марта он был официально объявлен в розыск Интерполом. 29 марта итальянский суд арестовал Авакова на 40 суток, однако уже 12 апреля освободил его из-под стражи. Украинская сторона подала запрос на экстрадицию Авакова, но итальянские власти 18 октября 2012 г. отказались выдать его Киеву.
28 октября 2012 г. Аваков был избран депутатом Верховной рады VII созыва от партии "Батькивщина". Получив депутатскую неприкосновенность, вернулся на Украину. Был членом комитета по вопросам регламента, депутатской этики и обеспечения деятельности парламента, членом межпарламентской комиссии по сотрудничеству Верховной рады и Федерального собрания РФ. Входил в состав постоянной делегации в Парламентской ассамблее Организации Черноморского экономического сотрудничества.
После событий "евромайдана" и госпереворота на Украине 23 февраля 2014 г. Арсен Аваков был назначен и. о. министра внутренних дел страны.
С 27 февраля 2014 г. - министр внутренних дел Украины. Работал в правительствах Арсения Яценюка, Владимира Гройсмана, Алексея Гончарука. 4 марта 2020 г. вновь был назначен главой МВД в кабинете Дениса Шмыгаля. Арсен Аваков является единственным министром, пришедшим после смены власти на Украине в 2014 г. и не лишившимся своего поста.
9 июля 2014 г. Арсен Аваков был заочно арестован Басманным судом Москвы по обвинению в организации убийств, применении запрещенных средств и методов ведения войны, препятствовании деятельности журналистов и в похищении людей в ходе вооруженного конфликта в Донбассе. 1 ноября 2018 г. он вошел в список 322 физических лиц Украины, в отношении которых были введены российские санкции.
13 июля 2021 г. Арсен Аваков заявил, что подал в отставку с поста министра внутренних дел Украины. 15 июля 2021 г. Верховная рада проголосовала за увольнение Авакова с поста главы МВД.
2 октября 2023 г. Росфинмониторинг внес Арсена Авакова в перечень террористов и экстремистов.
Государственный служащий I ранга.
Заслуженный экономист Украины (2007).
Автор ряда научных публикаций и монографии "Стратегия социально-экономического развития Харьковской области на период до 2015 года".
Женат, имеет сына.