Родился 10 марта 1936 г. в швейцарском городе Фисп, кантон Вале.
Учился в колледжах Сьона и Санкт-Морица. В 1959 г. получил степень бакалавра бизнес-администрирования и экономики на юридическом факультете Лозаннского университета.
В 1948-71 гг. играл за различные швейцарские любительские футбольные клубы.
С 1956 г. является членом Швейцарской ассоциации пишущих журналистов.
В 1959-64 гг. работал главой отдела по связям с общественностью в туристической организации кантона Вале.
В 1964-66 гг. занимал пост генерального секретаря Швейцарской федерации хоккея на льду.
В 1968-75 гг. работал в швейцарской часовой компании Longines, работал директором по связям с общественностью и спортивному хронометрированию, в связи с этой должностью принимал участие в подготовке Олимпийских игр 1972 и 1976 гг.
В 1970-75 гг. был членом правления футбольного клуба "Ксамакс" (Невшатель, Швейцария).
В 1975 г. Блаттер был назначен на пост спортивного директора Международной федерации футбола (ФИФА). В 1981 г. исполком ФИФА избрал его генеральным секретарем, а в 1990 г. повысил до главного исполнительного директора организации. Основной деятельностью Блаттера в этот период были переговоры и заключение телевизионных и маркетинговых контрактов с целью коммерциализации ФИФА.
С 1991 г. работал в комиссии Международного олимпийского комитета по олимпийскому движению. В 1999-2015 гг. являлся членом МОК.
В конце марта 1998 г. сменил бразильца Жоао Авеланжа на посту президента ФИФА. Переизбирался в 2002, 2007, 2011 и 2015 гг. Выборы президента ФИФА в мае 2015 г. прошли на фоне коррупционного скандала. 2 июня 2015 г. Блаттер объявил о том, что собирается покинуть свой пост после избрания нового главы организации. В октябре того же года Блаттер был временно отстранен от должности в связи с расследованием дела о коррупции, и. о. президента стал камерунец Исса Хаяту.
21 декабря 2015 г. комитет ФИФА по этике отстранил Блаттера от футбольной деятельности на восемь лет. Наказание было вынесено в результате расследования, объектом которого был крупный денежный перевод на имя Мишеля Платини, бывшего советника Блаттера, президента УЕФА в 2007-2015 гг. В феврале апелляционный комитет сократил срок дисквалификации до шести лет.
26 февраля 2016 г. на внеочередном конгрессе ФИФА новым президентом организации был избран Джанни Инфантино.
5 декабря 2016 г. Спортивный арбитражный суд (Лозанна, Швейцария) отклонил апелляцию Йозефа Блаттера и оставил в силе его шестилетнее отстранение от футбольной деятельности.
Неоднократно включался в списки ста самых влиятельных людей мира по версии "Форбс".
Кавалер Олимпийского ордена, имеет государственные награды более 20 стран мира.
Почетный член Швейцарской олимпийской ассоциации, немецкой и швейцарской футбольных ассоциаций, клуба "Реал" (Мадрид). Почетный гражданин Восточного Тимора и нескольких городов, в том числе своего родного города Фисп.
Кроме немецкого, владеет французским, английским, испанским и итальянским языками.
Разведен. Был женат трижды, дочь Коринн, внучка Серена.
Кроме футбола, занимался легкой атлетикой и теннисом.