Родился 20 января 1962 г. в г. Днепродзержинске Днепропетровской области Украинской ССР (ныне - Украина).
В 1984 г. окончил Днепропетровский инженерно-строительный институт.
В 1984-1988 гг. работал инженером-строителем в тресте "Днепровскпромстрой".
В начале 1990-х гг. Геннадий Боголюбов вместе с Игорем Коломойским занялся продажей компьютерной техники, партнеры зарегистрировали фирму "Сентоза".
В марте 1992 г. стал одним из основателей коммерческого "ПриватБанка". До национализации банка в декабре 2016 г. являлся его совладельцем (прямо или опосредованно владел 41,95% акций) вместе с Игорем Коломойским (49,98%) и входил в состав его наблюдательного совета. "ПриватБанк" - один из лидеров банковского рынка Украины (в январе-сентябре 2016 г. чистая прибыль банка составила 592 млн гривен, более 22,5 млн долларов США).
Банк постепенно скупал различные активы и вокруг него образовалась финансово-промышленная группа "Приват", в которую напрямую или опосредовано входит более 100 предприятий. Группа осуществляет деятельность в различных отраслях экономики как на Украине, так и за рубежом, контролирует большую долю нефтепереработки и розничного рынка нефтепродуктов Украины, практически весь ферросплавный рынок страны.
В 2008 г. вместе с немецким ритейлом OBI Боголюбов начал развивать сеть гипермаркетов стройматериалов на Украине.
Президент Днепропетровской еврейской общины (с 1999 г.), созданный им фонд "Симха" помогает евреям во всем мире.
Геннадию Боголюбову принадлежат 49,03% акций группы "Приват", другие совладельцы - Игорь Коломойский (49,15%) и Алексей Мартынов.
Также среди активов Боголюбова - акции компаний "Укрнафта", "Укртатнафта", "ДнепрАзот", "Нефтехимик Прикарпатья", "Днепр пласт", "Авиас", НПК "Галичина", Криворожского железорудного комбината, Марганецкого и Орджоникидзевского горнообогатительных комбинатов, Никопольского завода ферросплавов.
По данным Forbes.ua, по итогам 2012 г. он занял 5 место с состоянием 1,7 млрд долларов США в рейтинге крупнейших предпринимателей Украины. В мировом рейтинге миллиардеров Forbes, опубликованном в марте 2014 г., занял 764 место с состоянием 2,3 млрд долларов.
В 2013 г., по версии журнала "Корреспондент", занимал 19 место среди самых влиятельных людей Украины.
Женат. Двое детей. Дочь Екатерина занимается ювелирным бизнесом в Киеве, училась в Киевском институте международных отношений (изучала международное частное право).
В молодости профессионально занимался плаванием (мастер спорта). Играет в теннис.