Родился 10 июля 1985 г. в пос. Североонежске Плесецкого района Архангельской области.
Образование
В 2008 г. в Санкт-Петербурге окончил Балтийский государственный технический университет "Военмех" им. Д. Ф. Устинова с присуждением степени магистра техники и технологии по направлению авиа- и ракетостроение. В 2025 г. во Владимире - филиал Российской академии народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ (РАНХиГС) по специальности "государственное и муниципальное управление".
Работа на инженерных должностях
В 2007-2008 г. работал инженером-конструктором в авиадвигателестроительной компании "Климов" (Санкт-Петербург).
В 2008 г. перешел в Ракетно-космическую корпорацию "Энергия" им. С. П. Королёва (г. Королев, Московская обл.) на должность инженера главной оперативной группы управления. С февраля 2009 г. был помощником руководителя полетами российского сегмента Международной космической станции (МКС).
В отряде космонавтов
12 октября 2010 г. решением главной межведомственной комиссии Иван Вагнер был рекомендован к зачислению в отряд космонавтов РКК "Энергия". В ноябре приступил к подготовке в качестве кандидата в космонавты-испытатели в Центре подготовки космонавтов (ЦПК) им. Ю. А. Гагарина. В январе 2011 г. был переведен в единый отряд космонавтов Роскосмоса, образованный на базе ЦПК.
3 августа 2012 г. был назначен на должность космонавта-испытателя отряда Роскосмоса. В настоящее время - инструктор-космонавт-испытатель III класса, начальник группы кандидатов в космонавты отряда.
9 апреля 2020 г. Иван Вагнер отправился в свой первый орбитальный полет в составе экипажа космического корабля "Союз МС-16" вместе с Анатолием Иванишиным и американским астронавтом Крисом Кэссиди. Работал на МКС бортинженером 63-й длительной экспедиции, вернулся на Землю 22 октября 2020 г.
11 сентября 2024 г. - 20 апреля 2025 г. выполнил второй полет в космос. Иван Вагнер стартовал на корабле "Союз МС-26" как бортинженер экспедиции МКС-72 с Алексеем Овчининым (командир экипажа) и американским астронавтом Дональдом Петтитом (второй бортинженер). В ходе полета выполнил свой первый выход в открытый космос, был пятым специальным корреспондентом ТАСС на борту МКС. 8 февраля 2025 г. впервые в мире защитил магистерскую диссертацию, находясь на околоземной орбите. Студент РАНХиГС Вагнер представил свою выпускную работу с борта МКС. Экзаменационная комиссия, принимавшая защиту, находилась в Центре управления полетами.
По данным ЦПК, Иван Вагнер за два орбитальных полета налетал 416 дней 3 часа 16 минут. На его счету один выход в открытый космос продолжительностью 7 часов 17 минут.
Награды, почетные звания
Герой Российской Федерации (2022). Также имеет почетное звание "Летчик-космонавт Российской Федерации" (2022).