Родился 16 апреля 1970 г. в г. Алверка-ду-Рибатежу (Португалия). Его отец работал сварщиком, мать была административным сотрудником.
В девять лет Руй Витория начал заниматься футболом в школе местного клуба "Алверка". Во второй половине 1980-х гг. выступал за его молодежный состав. Игровая позиция - полузащитник.
В дальнейшем играл в низших лигах чемпионата Португалии, представлял клубы "Фаньонш" (1988-1990), "Вилафранкенсе" (Вила-Франка-ди-Шира, 1990-1999), "Сейшал" (1999-2001), "Каса Пиа" (Лиссабон, 2001-2002) и "Алкошетенсе" (Алкошети, 2002). В 2002 г. завершил карьеру игрока.
С 1998 по 2010 г. Руй Витория преподавал физическую культуру в средней школе им. Гагу Коутинью (Алверка-ду-Рибатежу), с 2002 г. сочетал эту работу с профессиональной деятельностью в качестве футбольного тренера. В начале 2000-х гг. окончил факультет физического развития Лиссабонского университета.
В 2002-2004 гг. являлся тренером клуба "Вилафранкенсе".
С 2004 по 2006 г. Руй Витория возглавлял юношеский состав лиссабонской "Бенфики".
В 2006-2010 гг. тренировал клуб "Фатима" из одноименного города. В 2007 г. команда под его руководством поднялась из второй лиги в первую, в 2008 г. выбыла из нее, но в 2009 г. опять вернулась.
В 2010-2011 гг. был главным тренером клуба высшей лиги "Пасуш де Феррейра" из одноименного португальского города.
С 2011 по 2015 г. возглавлял команду высшей лиги "Витория" (Гимарайнш). В 2013 г. привел ее к победе в Кубке Португалии.
В 2015-2019 гг. Руй Витория тренировал лиссабонскую "Бенфику". Под его руководством команда дважды становилась чемпионом страны (2016, 2017) и выигрывала Суперкубок Португалии (2016, 2017). Также специалист приводил "Бенфику" к победам в Кубке португальской лиги (2016) и Кубке страны (2017). По итогам сезонов 2015/2016 и 2016/2017 гг. Руй Витория был признан лучшим тренером чемпионата Португалии.
В 2019-2020 гг. возглавлял клуб "Ан-Наср" (Эр-Рияд), в 2019 г. привел его к победам в чемпионате Саудовской Аравии и Суперкубке страны.
С 24 мая по 15 декабря 2021 г. - главный тренер московского "Спартака". Под его руководством клуб занял первое место в группе C розыгрыша Лиги Европы 2021/2022 гг. и вышел в 1/8 финала.
С июля 2022 г. по февраль 2024 г. - главный тренер сборной Египта по футболу.
Автор книги "Искусство войны для тренеров" (2014).
Руй Витория женат вторым браком. Супруга - педагог Сюзана Барата. Дочери - Жуана и Матильда, сын - Сантьяго. Первой женой была преподаватель физической культуры Карла Ласаро. От брака с ней - дочь Мариана.