Родилась 30 октября 1936 г. в Москве в семье Артура Ломбака (1896-1977) и Тамары Опариной (1900-1984). Раннее детство провела с родителями в Новосибирске, там же пошла в школу. С 1944 г. проживала с ними в Тарту (Эстонская ССР, ныне Эстонская Республика).
В середине 1950-х гг. училась на факультете журналистики Тартуского университета, но не окончила его. В студенческие годы выступала как певица в составе университетского оркестра.
В 1964 г. Маргарита Войтес окончила Таллинскую консерваторию (ныне Эстонская академия музыки и театра) по вокальному классу педагога Линды Сауль. Певческий голос - лирико-колоратурное сопрано.
В 1964-1969 гг. - солистка театра "Ванемуйне" (Тарту).
С 1969 по 1990 г. Маргарита Войтес была солисткой Театра оперы и балета "Эстония" (ныне Национальная опера "Эстония", Таллин). Исполнила на его сцене несколько десятков партий в операх и опереттах. В их числе: Церлина в "Дон Жуане" Вольфганга Амадея Моцарта, Лауретта в "Джанни Скикки" и Мюзетта в "Богеме" Джакомо Пуччини, Лючия в "Лючии ди Ламмермур" Гаэтано Доницетти, Розалинда в "Летучей мыши" Иоганна Штрауса, Олимпия в "Сказках Гофмана" Жака Оффенбаха.
Маргарита Войтес выступала с камерным репертуаром (романсы русских и эстонских композиторов, сочинения французских авторов), гастролировала за рубежом.
С 1996 г. являлась членом Центристской партии Эстонии.
В 2008 г. стала почетным членом Союза актеров Эстонии.
20 июня 2024 г. стало известно, что Маргарита Войтес скончалась на 88-м году жизни.
Народная артистка СССР (1979).
Была награждена орденами "Знак Почета" (1986), Белой звезды III класса (Эстония, 2011).
Была замужем за техническим работником Юханом Войтесом. Сыновья - Свен и Аймар.