Родился 4 января 1948 г. в селе Лыхны Гудаутского района Абхазской АССР (ныне - Республика Абхазия).
В 1972 г. окончил факультет "Промышленное гражданское строительство" Белорусского политехнического института в Минске (ныне - Белорусский национальный технический университет).
В 1972-1974 гг. - мастер, затем прораб Гудаутского строительного управления №4 треста №16 Министерства строительства Грузинской ССР (ГССР; ныне - Грузия).
С июня 1974 г. по сентябрь 1976 г. - главный инженер передвижной механизированной колонны №144 треста №16 Минстроя ГССР.
В 1976-1977 гг. - старший прораб участка №18 Гудаутского СУ-4 треста №16 Минстроя ГССР.
С 1977 по 1986 г. - заместитель директора комбината общественного питания на озере Рица Министерства торговли Абхазской АССР.
В 1986-1991 гг. - председатель правления Гудаутского районного потребительского общества. В 1980-х гг. стал членом Коммунистической партии Советского Союза.
С сентября 1991 г. по июнь 1992 г. – председатель Государственного комитета по внешнеэкономическим и межреспубликанским связям Совета министров Абхазской АССР.
С декабря 1992 г. по январь 1995 г. – заместитель председателя Совета министров Республики Абхазия, председатель Комитета по внешнеэкономическим связям.
С января 1995 г. по апрель 1997 г. – премьер-министр Абхазии (республику в этот период возглавлял Владислав Ардзинба).
С апреля 1997 г. по март 2002 г. – помощник депутата Государственной думы РФ. В 2002 г. в интервью газете "Известия" сообщил, что имеет российское гражданство.
С марта по ноябрь 2002 г. – президент Торгово-промышленной палаты Республики Абхазия.
С декабря 2002 г. по апрель 2003 г. вновь возглавлял правительство Абхазии, сменив на посту премьера Анри Джергению.
В 2003–2004 гг. – руководитель Администрации президента Абхазии Владислава Ардзинбы.
С июня 2004 г. по апрель 2018 г. - президент Торгово-промышленной палаты Республики Абхазия.
24 апреля 2018 г. президент Абхазии Рауль Хаджимба подписал указ о назначении Геннадия Гагулии премьер-министром Абхазии. Гагулия сменил в этой должности Беслана Барцица.
8 сентября 2018 г. погиб в результате ДТП. Авария произошла в районе поста Мюссера, когда машина премьера ехала из аэропорта Сочи в Абхазию в составе правительственного кортежа. Официальная делегация республики возвращалась после визита в Сирию. Автомобиль Геннадия Гагулия совершил лобовое столкновение с машиной ВАЗ-21, выехавшей на полосу встречного движения, и вылетел в кювет. По данным генпрокуратуры Абхазии, водитель ВАЗ находился в состоянии наркотического опьянения. Премьер республики скончался от полученных травм по дороге в больницу. В ДТП пострадали также его водитель и охранник.
Был награжден орденом "Ахьдз-Апша" II степени.
Был женат, имел двоих детей. Супруга — Заира Отырба, главный врач Гудаутской районной больницы. Дочь – Асида, врач. Сын – Астамур, предприниматель, возглавляет торговое предприятие "Премиум".