Родился 25 августа 1959 г. в дер. Шали Пестреченского района Татарской АССР (ныне - Республика Татарстан). По происхождению - татарин. Отец работал в райпотребсоюзе, мать была швеей.
Окончил актерское отделение Казанского театрального училища. В 1984 г. получил духовное образование в Исламском медресе "Мир-Араб" в Бухаре (Узбекистан). В 2001 г. завершил обучение в Российской академии государственной службы при президенте РФ (РАГС; ныне - Российская академия народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ, РАНХиГС) по специализации "государственное и муниципальное управление".
Кандидат философских наук, диссертацию на тему "Ислам в России: опыт философского анализа" защитил в 2003 г. в РАГС.
Работал ассистентом режиссера, выпускающим редактором в редакции литературно-драматических передач Казанской студии телевидения.
После окончания медресе "Мир-Араб" Равиль Гайнутдин был назначен первым имам-хатыбом Казанской соборной мечети "Нур Ислам". В 1985 г. избран ответственным секретарем Духовного управления мусульман Европейской части СССР и Сибири (г. Уфа, Башкирия).
В 1987 г. был утвержден на должность имама-хатыба Московской cоборной мечети, в 1988 г. стал главным имам-хатыбом - настоятелем главной мечети столицы. В 1991 г. избран президентом Исламского центра г. Москвы и Московской области. В 2007-2015 гг. под руководством Равиля Гайнутдина была проведена реконструкция исторического здания и возведен новый комплекс Московской соборной мечети.
29 января 1994 г. на учредительном меджлисе (съезде) мусульманских религиозных объединений и общин европейской части России Равиля Гайнутдина избрали муфтием и председателем Духовного управления мусульман Центрально-Европейского региона, которое в 1998 г. было переименовано в Духовное управление мусульман Европейской части России (ДУМЕР), в 2014 г. - в Духовное управление мусульман Российской Федерации (ДУМ РФ). Муфтий шейх Равиль Гайнутдин является бессменным главой этой организации. 23 сентября 2019 г. на VII съезде ДУМ РФ был переизбран на очередной срок.
С момента создания 2 июля 1996 г. Совета муфтиев России (учредитель - ДУМ РФ) Равиль Гайнутдин является его председателем. Был избран на первом меджлисе руководителей духовных управлений мусульман РФ, затем трижды переизбирался на этот пост (2009, 2012, 2017).
В 1998 г. выступил одним из учредителей Межрелигиозного совета России, в который вошли все главы традиционных конфессий страны (православия, ислама, иудаизма, буддизма). Является членом президиума Совета, деятельность которого направлена на укрепление мира и согласия, противодействие экстремизму и терроризму, развитие теологического образования и науки, утверждение традиционных нравственных и семейных ценностей.
Равиль Гайнутдин осуществляет руководство Московским исламским институтом (МИИ, до 2013 г. - университет). Этот частный вуз был учрежден в 1999 г. Духовным управлением мусульман РФ и создан на базе Московского высшего духовного исламского колледжа. Должность ректора МИИ занимает Дамир Мухетдинов, первый заместитель председателя ДУМ РФ.
Был членом Общественной палаты РФ (2007-2009).
Входит в состав Совета по взаимодействию с религиозными объединениями при президенте РФ.
Является членом президиума Евразийского исламского совета, Совета по мусульманским меньшинствам Всемирной исламской лиги и др. международных организаций.
Член Международной академии наук Евразии, Международной славянской академии по науке, образованию, культуре и религии, Международной академии информатизации.
Награжден орденами Дружбы (1997), Почета (2004), "За заслуги перед Отечеством" IV (2009), III (2015) и II (2019) степеней. Имеет благодарность президента РФ (1999). Удостоен ордена Казахстана "Шапагат" (2010), высшего палестинского ордена "Звезда Иерусалима" (2015), высшей награды мусульман России - ордена "Аль-Фахр" ("За заслуги", 2015).
Автор научных трудов по мусульманскому богословию, мусульманской догматике и праву: "Ислам. Вера. Милосердие. Терпимость" (1997), "Священный Коран о человеке, его жизни и бессмертии" (1998), "Основы Ислама" (2004), "Ислам в современной России". Был инициатором разработки и руководителем творческого коллектива ученых по созданию фундаментального труда "Основные положения социальной программы российских мусульман" (2001).
Женат, две дочери.
Исповедует ислам.