Родился 27 апреля 1941 г. в турецком селе Коруджук (провинция Эрзурум). В 1949 г. его отец Рамиз стал имамом деревни Алвар и переехал туда с семьей.
Гюлен получил религиозное образование и изучал арабский язык в нескольких медресе. Согласно официальному сайту, в возрасте 10 лет стал хафизом (выучил Коран наизусть).
В 1959-1961 гг. был вторым имамом мечети Учшерефли Джами в г. Эдирне.
В 1961-1962 гг. находился на военной службе.
В 1964 г. стал имамом и учителем при мечети Дарульхадис в Эдирне. Организовывал кружки для обсуждения религиозных тем.
В 1965 г. читал проповеди в г. Кыркларели, в 1966 г. - в г. Измир. Тогда же начал преподавать на курсах по изучению Корана.
В 1968 г. совершил хадж (паломничество к главным святыням ислама в Мекке, Саудовская Аравия).
В 1969-1980 гг. продолжал работу в качестве проповедника в различных городах Турции, стал одним из наиболее популярных и авторитетных мусульманских деятелей страны. С 1970-х гг. Фетхуллах Гюлен возглавляет неформальное движение "Хизмет" (тур. "служение"), целями которого заявлены "достижение социальной справедливости и гармонии".
В 1977 г. впервые прочитал проповедь в Стамбуле, а также принял участие в ряде межконфессиональных конференций в Германии. На его последующих проповедях в Стамбуле регулярно присутствовали члены турецкого правительства.
С 1979 г. публиковался в ежемесячном журнале об исламе "Сызынты".
После военного переворота 12 сентября 1980 г. в знак протеста перестал читать проповеди. По данным СМИ, в течение шести лет скрывался от властей, подозревавших его в призывах к созданию в Турции исламского государства.
В 1986 г. впервые после прихода к власти военных прочитал проповедь на открытии мечети Буюк Чамлыджа в Стамбуле.
В июне 1986 г. вновь совершил хадж, несмотря на то, что власти наложили запрет на его выезд из страны. Вернулся в Турцию через границу с Сирией и сдался властям, после чего был признан невиновным и освобожден. По данным СМИ, такое решение было принято по инициативе Тургута Озала (премьер-министр Турции в 1983-1989, президент в 1989-1993 гг.), покровительством которого пользовался Гюлен.
В 1988 г. начал публиковаться в ежеквартальном мусульманском журнале "Ени умит".
В 1992-1995 гг. неоднократно встречался с влиятельными турецкими политиками, в том числе с премьер-министрами Танус Чиллер и Месутом Йылмазом.
В июне 1994 г. назначен почетным президентом турецкого Фонда журналистов и писателей.
В 1995 г. серия его интервью публиковалась в ведущих СМИ страны - газетах "Джумхуриет" и "Заман", впоследствии на их основе была опубликована книга.
В 1999 г. уехал в США для лечения, после чего больше не возвращался в Турцию. В 2004 г. перенес операцию на сердце. В настоящее время проживает в штате Пенсильвания.
Вскоре после отъезда в отношении Гюлена в Турции было начато расследование по подозрению в антиправительственной деятельности. Поводом для обвинений стали видеозаписи его интервью, в которых он призывал создать в Турции государство на основе принципов шариата. По утверждениям богослова, эти записи были смонтированы и "вырваны из контекста". В 2008 г. следствие прекращено из-за недостатка доказательств.
Фетхуллах Гюлен считается одним из наиболее влиятельных мусульманских богословов современности. Он осуждает экстремизм и нетерпимость, выступает за распространение образования, в том числе среди женщин, а также защиту прав человека и демократических ценностей, социальную справедливость.
Гюлен написал более 60 книг. Несмотря на то, что он является сторонником умеренного ислама, некоторые из его произведений занесены в федеральный список экстремистских материалов министерства юстиции РФ ("Сомнения, порожденные веком", "Критерии или огни в пути", "Пророк Мухаммед – венец рода человеческого", "Жизнь и исламская вера").
Фетхуллах Гюлен выступает за гармоничные отношения между представителями различных конфессий. В рамках усилий по развитию межконфессионального диалога в 1998 г. он провел встречу с Папой Римским Иоанном Павлом II в Ватикане, также встречался с израильскими раввинами.
Сторонники движения "Хизмет" называют Гюлена Ходжа-эфенди. Точных данных о численности и структуре этой организации нет (по разным сведениям, в настоящее время в нее входят от 1 до 8 млн человек). Одним из основных направлений деятельности "Хизмет" является образование. Широко известно высказывание Гюлена "Школа – прежде мечети". "Гюленистами" было основано порядка 300 школ и культурных центров в Турции, а также около 1 тыс. по всему миру. Эти образовательные учреждения известны высоким уровнем образования и комфортными условиями обучения. В регионах России они появились в 1990-х гг., однако к 2003 г. были закрыты по решению властей. Кроме того, "Хизмет" финансировал ряд турецких СМИ, в частности, оппозиционную газету "Заман" (в марте 2016 г. руководство этого СМИ сменилось по решению суда, и оно стало подконтрольным правительству).
Считается, что до 2013 г. "Хизмет" оказывало поддержку Партии справедливости и развития (ПСР), правящей в Турции с 2003 г., и ее лидеру Реджепу Тайипу Эрдогану (премьер-министр Турции в 2003-2014 гг., президент с 2014 г.). Однако летом 2013 г. Фетхуллах Гюлен раскритиковал турецкие власти за разгон полицией протестующих против застройки парка Гези в Стамбуле. В декабре 2013 г. власти заявили, что связанные с Гюленом судьи организовали утечку сведений о причастности к коррупционным схемам чиновников и бизнесменов, близких Реджепу Тайипу Эрдогану, что привело к крупному скандалу. Тогда же фигурантом дела о финансовых махинациях стал сын Эрдогана Неджметтин Билал. В качестве ответного шага со стороны правительства в стране были закрыты школы, финансируемые "гюленистами".
Суд Стамбула дважды - в декабре 2014 г. и феврале 2015 г. - выдавал ордер на арест Фетхуллаха Гюлена в связи с обвинениями в "создании и руководстве террористической организацией". Руководство Турции считает, что сторонники "Хизмет", занимая различные посты в госструктурах, ведут тайную подрывную деятельность. Власти страны неоднократно заявляли о необходимости экстрадиции Гюлена.
Власти Турции обвинили Фетхуллаха Гюлена в причастности к организации попытки военного переворота в Турции 15 июля 2016 г. В ответ на эти обвинения богослов заявил о недопустимости захвата власти силой и подчеркнул, что единственным путем смены правительства является проведение честных и свободных выборов.
19 июля 2016 г. премьер-министр Турции Бинали Йылдырым сообщил, что США направлен официальный запрос об экстрадиции Гюлена.
В июне 2017 г. Министерство внутренних дел Турции объявило о лишении гражданства Фетхуллаха Гюлена.
Гюлен был назван самым влиятельным интеллектуалом мира по версии читателей американских журналов Prospect и Foreign Policy в 2008 г., а также включен в список "100 самых влиятельных людей мира" журнала Time.
Точных сведений о личной жизни нет, по данным ряда СМИ, женат.