Родился 22 августа 1955 г. в г. Енотаевске Астраханской области. Его отец - Алексей Данкверт (1931-2013), был начальником управления племенных заводов Минсельхоза СССР, позднее возглавлял совет директоров Союза животноводов России, был президентом компании "Агроплемсоюз".
В 1977 г. Сергей Данкверт окончил Московский институт инженеров сельскохозяйственного производства (ныне в составе Российского государственного аграрного университета - МСХА им. К. А. Тимирязева) по специальности "инженер-механик сельского хозяйства", в 1986 г. — Всесоюзную академию внешней торговли по специальности "экономист по международным экономическим отношениям".
Кандидат сельскохозяйственных наук. В 1999 г. во Всероссийском научно-исследовательском институте племенного дела защитил диссертацию на тему "Использование голштинского скота разной селекции в России".
Доктор экономических наук. В 2003 г. во Всероссийском научно-исследовательском институте экономики, труда и управления в сельском хозяйстве защитил диссертацию на тему "Экономический рост производства отраслей животноводства России: методология и перспективы".
В 1977 г. был принят на работу в совхоз "Наро-Осановский" (Одинцовский район Московской области) на должность старшего инженера комплекса "Нарский". С 1979 г. исполнял обязанности главного инженера совхоза с возложением обязанностей заместителя директора по производству.
С 1980 по 1981 г. был главным инженером совхоза "Барыбино" Московской области.
В 1981–1986 гг. — главный инженер-механик колхоза им. Дзержинского и объединения "Пригородное" (Люберецкий район Московской области).
С 1986 по 1994 г. занимал пост заместителя генерального директора агропромышленного комбината "Москва".
С 1994 г. работал начальником производственного управления ОАО "Агроплемсоюз" (компания создана в 1990 г. на базе общесоюзного управления племенного животноводства, в настоящее время объединяет 30 хозяйств и предприятий в различных регионах). С 1995 г. был вице-президентом - начальником производственного управления компании, с 1997 г. - генеральным директором "Агроплемсоюза".
С 17 июня 2000 г. по 12 марта 2004 г. занимал должность первого заместителя министра сельского хозяйства РФ Алексея Гордеева.
С 12 марта 2004 г. - руководитель Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор).
Член Государственной пограничной комиссии (с 2013 г.), Правительственной комиссии по вопросам агропромышленного комплекса и устойчивого развития сельских территорий (с 2016 г.), советов по реализации Федеральной научно-технической программы развития сельского хозяйства на 2017-2025 годы (с сентября 2018 г.) и по реализации Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий на 2019-2027 годы (с ноября 2018 г.).
Действительный государственный советник РФ I класса (2001).
Награжден орденами Почета (2008), "За заслуги перед Отечеством" IV степени (2015), Александра Невского (2022). Отмечен Почетной грамотой правительства РФ (2005).
Лауреат премии правительства РФ 2002 г. в области науки и техники "за разработку и внедрение методов генетического мониторинга в селекции сельскохозяйственных животных".
Заслуженный работник сельского хозяйства РФ (1998).