Родился 20 ноября 1957 г. в поселке Отуоке, район Огбиа, Восточный регион Нигерии (в настоящее время - штата Байелса). Происходит из народа иджо. Отец - Эбеле Джонатан - был плотником, изготовителем каноэ. Имя Гудлак было дано отцом, интуитивно предчувствовавшим удачу, ожидающую в жизни его сына. Второе имя - Азикиве - он также получил в честь первого президента Нигерии.
Закончил христианскую среднюю школу, затем Университет Порт-Харкорта (University of Port Harcourt), где изучал зоологию, получил степень магистра гидрологии и биологии рыб (1985 г.), а также степень доктора зоологических наук (1995 г.).
По окончанию университета в соответствии с правилами отработал один год преподавателем средней школы в городе Иреси, штат Ойо (в настоящее время - Осун) на юго-западе Нигерии. Затем работал в Комиссии по делам гражданских служащих штата Риверс, инспектором по образованию в правительстве штата Риверс (1982 - 1983 гг.) и преподавателем в Государственном педагогическом колледже штата Риверс (1983 - 1993 гг.).
В 1993 г. назначен помощником директора по вопросам охраны окружающей среды правительственной Комиссии по развитию нефтеносных и минералодобывающих районов. Покинул должность в 1998 г. в связи с началом политической карьеры.
В 1999 г. Джонатан вступил в Народно-демократическую партию (НДП) и 29 мая 1999 г. был назначен вице-губернатором штата Байелса, а 12 декабря 2005 г. занял кресло губернатора.
С 29 мая 2007 г. по 5 мая 2010 г. — вице-президент страны. Его назначение вице-президентом было с большим оптимизмом встречено среди народов дельты Нигера, в регионе, где в течение долгих лет продолжается вооруженное противостояние группировок отстаивающих интересы его коренных народов, к числу которых принадлежит и этническая группа Джонатана иджо. Часть повстанцев удалось убедить сложить оружие.
В связи с болезнью главы государства Умару Яр`Адуа 9 февраля 2010 г. Национальная ассамблея приняла резолюцию, в соответствии с которой Джонатан был назначен исполняющим обязанности президента. 5 мая 2010 г. Яр`Адуа скончался и на следующий день Джонатан занял президентский пост.
14 января 2011 г. НДП избрала Джонатана своим кандидатом на предстоящих президентских выборах. 16 апреля 2011 г. он одержал победу на президентских выборах, набрав 60 % голосов избирателей и опередив, таким образом, лидера Конгресса за прогрессивные перемены Мухамаду Бухари и других соперников. 29 мая 2011 г. официально вступил в должность главы государства.
На президентских выборах 2015 г. снова был выдвинут кандидатом от НДП, но на этот раз уступил Бухари, набрав 45% голосов.
В октябре 2015 г. возглавлял миссию Содружества на всеобщих выборах в Танзании.
В 2002 г. Институт анализа общественных процессов Нигерии признал Гудлака Джонатана наиболее эффективным вице-губернатором. В 2004 г. получил премию Нигерийского союза журналистов "Демократия и эффективное управление". В 2006 г. Нигерийская ассоциация юристов присудила ему премию "Выдающаяся личность", а Общеафриканский союз студентов Южной Африки - премию "Африканский лидер". В том же 2006 г. Международная федерация за мир во всем мире присудила ему почетные премии "Посол мира" и "Лидерство и эффективное управление".
Женат на Пэйшнз Фака Джонатан. В семье двое детей - дочь Арубаи и сын Адо Аруэра.