Родился в 1949 г. в префектуре Вакага на севере современной Центрально-Африканской Республики (в то время - Французская Экваториальная Африка).
Образование получил в Советском Союзе. Учился в учетно-кредитном техникуме г. Орла, затем в Университете дружбы народов им. Патриса Лумумбы в Москве.
Вернувшись в ЦАР, работал в министерстве планирования. Затем перешел в министерство иностранных дел и был направлен консулом в город Ньяла в регион Дарфур (Судан).
В 2006 г. стал одним из основателей Союза демократических сил за объединение (СДСО), оппозиционного президенту Франсуа Бозизе. Союз объединил многочисленные повстанческие группировки ЦАР и в октябре 2006 г. приступил к боевым действиям против правительственных сил. Командующим отрядом СДСО стал генерал Даман Закария, тогда как Джотодиа и Абакар Сабон, основатель Движения центральноафриканских освободителей за справедливость, одной из группировок, вошедших в состав СДСО, осуществляли политическое руководство движением, с территории Республики Бенин.
В ноябре 2006 г. Джотодиа и Сабон были арестованы властями Бенина и находились больше года в тюрьме без предъявления обвинений. В феврале 2008 г. они оба были освобождены по просьбе Бозизе, после того как руководство СДСО выразило согласие на проведение мирных переговоров с правительством ЦАР. Мирные соглашения между СДСО и правительством ЦАР были подписаны 9 мая 2008 г. Лидеры повстанцев по итогам переговоров соглашались сложить оружие в обмен на предоставление им должностей на государственной службе и интеграцию бойцов в национальную армию. Несмотря на то, что Закария и прочие полевые командиры объявили об окончании вооруженной борьбы, Джотодиа и Сабон объявили, что рассматривают эти договоренности не более чем временное перемирие.
Вернувшись в ЦАР в 2011 г., в июне 2012 г. основал оппозиционную коалицию "Селека" (на языке санго — "объединение"), объединив фракции СДСО и еще двух повстанческих группировок, недовольных тем как выполняются правительством мирные договоренности 2007 - 2008 гг.
В декабре 2012 г. вооруженные повстанцы из коалиции "Селека" захватили несколько крупных городов, а также стратегических предприятий ЦАР. "Селека" потребовала отставки президента ЦАР Франсуа Бозизе, выполнения соглашения о перемирии пятилетней давности, предусматривавшего интеграцию их вооруженных сил в национальную армию, выплаты денежных пособий и "справедливого раздела" доходов от эксплуатации минеральных ресурсов страны.
9-11 января 2013 г. в Либревиле (Габон) состоялись переговоры между властями и коалицией "Селека" при посредничестве Экономического сообщества стран Западной Африки (ЭКОВАС) и Африканского союза. По итогам были подписаны договор о прекращении огня и политическое соглашение по урегулированию кризиса.
3 февраля 2013 г. в соответствии с подписанным соглашением создано правительство национального единства во главе с действующим президентом Франсуа Бозизе и представляющим оппозицию "Селека" премьер-министром Николя Тиангэй. Мишель Джотодиа вошел в правительство в качестве первого заместителя премьер-министра и министра обороны.
23 марта 2013 г. вооруженные отряды повстанцев движения "Селека" ворвались в столицу ЦАР Банги и 24 марта захватили президентский дворец. Президент ЦАР Франсуа Бозизе бежал из страны и укрылся в Камеруне.
24 марта 2013 г. Мишель Джотодиа провозгласил себя новым главой государства. 26 марта он объявил о приостановлении действия конституции, а также роспуске парламента и правительства. 31 марта 2013 г. было сформировано новое правительство, в котором Джотодиа занял пост министра обороны.
Африканский союз объявил о приостановке членства в организации, подчеркнув, что не признает правительство, пришедшее к власти неконституционным путем. Захват власти в ЦАР также решительно осудил Совет безопасности ООН. 3 апреля 2013 года в Чаде по итогам экстренного саммита Экономического сообщества стран Центральной Африки (ЭКОЦАС) шесть стран, входящих в ЭКОЦАС, отказались признать Мишеля Джотодиа легитимным президентом. 4 апреля 2013 года Джотодиа согласился на предложение государств ЭКОЦАС о необходимости избрания временного президента ЦАР, срок полномочий которого составит 18 месяцев. Ранее он обещал передать власть в 2016 году.
По настоянию участников саммита ЭКОЦАС 6 апреля 2013 года был создан Национальный переходный совет (НПС), временный законодательный орган, в который вошли 105 членов. 13 апреля НПС избрал Мишеля Джотодиа президентом ЦАР.
18 августа 2013 г. приведен к присяге; официально вступил в должность президента.
13 сентября 2013 года Джотодиа издал указ о роспуске коалиции "Селека". Между тем систематические акты насилия бойцов "Селеки" против гражданского населения в Банги других городах спровоцировали формирование отрядов ополчения христиан "Анти-балака" (в переводе с языка санго - "анти-мачете"). Ожесточенные столкновения христианских и мусульманских ополченцев повлекли за собой массовые жертвы и расправы над мирным населением с обеих сторон.
5 декабря 2013 года Совет безопасности ООН санкционировал развертывание в ЦАР стабилизационных сил стран Африки и Франции для борьбы с действующими там боевиками - Международной миссии под африканским руководством по поддержке в Центральноафриканской Республике (АФИСМЦАР). Были введены санкции на поставку в ЦАР вооружений. 6 декабря была начата военная операция французских войск в ЦАР "Сангарис".
10 января 2014 года Мишель Джотодиа и премьер-министр страны Николя Тиангэй под давлением саммита ЭКОЦАС ушли в отставку. 11 января Джотодиа, прибыл в Бенин, власти которого согласились его принять по просьбе стран-участниц ЭКОЦАС.