Родился 3 февраля 1979 г. в селе Волково Ивановского района Одесской области Украинской ССР (ныне – Украина). По словам, главы "Киевского патриархата" Филарета Денисенко, является незаконным сыном "митрополита Ровенского и Острожского" КП Даниила Чокалюка.
До "пострига" в "Киевском патриархате" - Сергей Петрович Думенко.
В 1999 г. окончил т. н. Киевскую духовную семинарию неканонической религиозной организации "Украинская православная церковь Киевского патриархата". В 2003 г. завершил обучение в "Киевской православной богословской академии Киевского патриархата". В 2006-2007 гг. учился на философском факультете Афинского национального университета им. Каподистрии (Греция).
В 2003 г. в "Киевской православной богословской академии" т. н. Киевского патриархата (КП) защитил кандидатскую диссертацию по кафедре церковного права на тему "Формирование церковно-канонических сборников в доникейский период и их характеристика".
В 2012 г. получил степень доктора богословских наук, защитив в "Киевской православной богословской академии" КП диссертацию на тему "Учение православной церкви о спасении в контексте непрерывности святоотеческого предания".
В 2003-2005 гг. являлся секретарем-референтом и пресс-секретарем Ровенского епархиального управления "Киевского патриархата", а также личным секретарем "митрополита Ровенского и Острожского" Даниила Чокалюка. Одновременно был преподавателем и старшим помощником инспектора "Ровенской духовной семинарии" КП.
С 2007 г. преподает в "Киевской православной богословской академии" КП, возглавлял кафедру филологии, в 2008 г. ему было присвоено звание доцента. С 2010 – ректор "академии", с 2011 г. является профессором кафедры филологии.
21 декабря 2007 г. Сергей Думенко был "пострижен в монашество" в "Киевском патриархете" с наречением имени Епифаний. 6 января 2008 г. "рукоположен во иеродиакона", а 20 января 2008 г. - в "иеромонаха". Согласно церковным канонам (правилам), Епифаний Думенко не является монахом, священником или епископом, т. к. таинства могут совершаться только в канонических Церквях, попытки совершения таинств в раскольнических группировках являются имитацией.
25 января 2008 г. назначен секретарем "патриарха Киевского и всея Руси-Украины" Филарета Денисенко. 16 марта 2008 г. Думенко был возведен в сан "архимандрита".
20 марта 2008 г. стал наместником Киево-Выдубицкого монастыря, а 30 мая того же года - управляющим делами "Киевской патриархии".
21 октября 2009 г. "Священный синод Киевского патриархата" избрал Епифания Думенко "епископом Вышгородским", викарием Киевской епархии.
27 июля 2010 г. был введен в состав "Священного синода" КП, назначен управляющим ее Переяслав-Хмельницкой епархии.
С марта 2011 г. - председатель редакционного комитета издательского отдела "Киевского патриархата".
23 января 2012 г. указом Филарета Денисенко Епифаний Думенко был возведен в сан "архиепископа".
26 июня 2013 г. на заседании "Архиерейского собора" КП были внесены изменения в устав "Киевского патриархата", согласно которым была введена должность "патриаршего наместника" с титулом "митрополита Переяслав-Хмельницкого и Бориспольского". Согласно новой редакции устава, "патриарший наместник" является помощником "Киевского патриарха" в управлении приходами Киевской области, а после его смерти автоматически становится "местоблюстителем патриаршего престола".
28 июня 2013 г. Епифаний Думенко был возведен в сан "митрополита Переяслав-Хмельницкого и Белоцерковского" и назначен "патриаршим наместником". Позднее его титул был изменен на "митрополит Переяславский и Белоцерковский".
15 декабря 2018 г. в Киеве на объединительном соборе неканонических "Киевского патриархата" и "Украинской автокефальной православной церкви" было объявлено о создании новой церковной структуры - "Православной церкви Украины" (ПЦУ). Епифаний Думенко избран ее "предстоятелем" с титулом "митрополита Киевского и всея Украины".
3 февраля 2019 г. в Киеве в Софийском соборе состоялась торжественная литургия по случаю возведения Епифания в сан предстоятеля ПЦУ. На мероприятии присутствовали президент Украины Петр Порошенко, представители правительства, иностранные делегации. Церковное сообщество было представлено примерно 60 епископами, в том числе иерархами Константинопольского патриархата. По данным СМИ, монахи большинства монастырей Афона отказались ехать в Киев на интронизацию Епифания.
26 мая 2022 г. Епифаний заявил, что "Архиерейский собор" ПЦУ обратился к патриарху Константинопольскому и главам поместных церквей с просьбой "лишить престола" патриарха Московского всея Руси Кирилла из-за "распространения еретического этнофилетического (этнофилетизм - предпочтение национальных интересов общецерковным - прим. ТАСС-ДОСЬЕ) учения о "русском мире" и распространения схизм среди православных".
10 января 2023 г. заявил, что украинцы должны отказаться от своего святого, в честь которого их крестили, если святой имеет отношение к России.
12 мая 2023 г. Епифаний Думенко заявил, что священники УПЦ переходящие в его юрисдикцию "должны покаяться, отказаться от российского гражданства, отречься от идеологии русского мира".
Является членом Национального союза журналистов Украины.
Награжден украинским орденом "За заслуги" III степени (2015), Почетной грамотой Кабинета министров Украины.