Родился 6 февраля 1958 г. в гор. Абинске Краснодарского края РСФСР, ныне РФ.
В 1979 г. окончил Орджоникидзевское высшее общевойсковое командное училище им. Маршала Советского Союза А. И. Еременко, в 1989 г. стал выпускником Военной академии им. М. В. Фрунзе (ныне Военный учебно-научный центр Сухопутных войск "Общевойсковая академия ВС РФ", Москва). В 2003 г. с золотой медалью окончил Военную академию Генерального штаба ВС РФ в Москве.
В 1979-1981 гг. проходил службу на должностях командира танкового взвода, командира разведывательной роты в Одесском военном округе (ВО).
В 1981-1986 гг. командовал разведывательной ротой, был начальником разведки штаба полка в Группе советских войск в Германии.
В 1989 г. был назначен командиром отдельного разведывательного батальона в Дальневосточном ВО.
В 1991 г. Владимир Зарудницкий занимал должности начальника штаба - заместителя командира мотострелкового полка, командира пулеметно-артиллерийского полка в том же округе.
В 1994 г. был назначен военным комендантом Майкопского гарнизона в Северо-Кавказском ВО.
В 1997 г. получил назначение на должность начальника штаба - заместителя командира 131-й отдельной мотострелковой Краснодарской Кубанской казачьей бригады в Северо-Кавказском ВО, в 1998-2001 гг. был командиром этой бригады.
В 2003 г. принял командование 27-й гвардейской мотострелковой Омско-Новобугской дивизией в Приволжско-Уральском ВО.
В 2005 г. был назначен начальником штаба - первым заместителем командующего 29-й армии, затем - 41-й армии в Сибирском ВО. С 2007 г. занимал должность командующего 36-й армией в этом округе.
В 2009-2011 гг. являлся начальником штаба - первым заместителем командующего войсками Московского, а затем Западного военных округов.
В 2011 г. занял должность заместителя командующего войсками Южного ВО.
В том же году стал начальником Главного оперативного управления Генерального штаба ВС РФ - первым заместителем начальника Генштаба ВС РФ.
В 2014-2017 гг. занимал пост командующего войсками Центрального ВО.
В ноябре 2017 г. указом президента РФ Владимира Путина Владимир Зарудницкий был назначен начальником Военной академии Генерального штаба ВС РФ.
Генерал-полковник (2012).
Награжден орденами "За заслуги перед Отечеством" IV степени, "За военные заслуги" (2013), медалями.