Родился 26 января 1974 г. в Саратове.
В 1993 г. окончил Саратовский монтажный техникум по специальности "технология сварочного производства", в 1999 г. - Московский государственный университет коммерции (объединен с Российским экономическим университетом им. Г. В. Плеханова) по специальности "коммерция", в 2010 г. - Саратовскую государственную академию права (ныне - Саратовская государственная юридическая академия) по специальности "юрист".
С 1993 г. - охранник в товариществе с ограниченной ответственностью "Нельсон".
С 1994 г. работал на Саратовском подшипниковом заводе. С 1995 г. был старшим инспектором отдела экономической и информационной безопасности, с 1999 г. - помощником директора, начальником общего отдела. В 2000 г. стал начальником управления общими делами предприятия - помощником генерального директора, в 2006 г. - директором по капитальному строительству и социальной политике завода. В 2007 г. был назначен на должность заместителя генерального директора Саратовского подшипникового завода по административно-хозяйственным вопросам.
12 марта 2006 г. избран депутатом Саратовской городской думы III созыва от партии "Единая Россия" по Заводскому избирательному округу №6. За него проголосовали 30,09% избирателей. Второе место занял кандидат от КПРФ Виктор Черваков - 19,94%. В городском парламенте возглавил комитет по вопросам местного самоуправления.
2 декабря 2007 г. избран депутатом Саратовской областной думы IV созыва по Заводскому избирательному округу №2 (баллотировался в порядке самовыдвижения). На выборах Михаил Исаев получил 43,69% голосов избирателей. В областном парламенте являлся заместителем председателя комитета по вопросам местного самоуправления.
4 декабря 2011 г. избран депутатом Государственной думы VI созыва по списку партии "Единая Россия" (седьмой номер региональной группе №65, Воронежская область). Входил в комитет по бюджету и налогам. Полномочия были прекращены досрочно 26 октября 2012 г.
14 октября 2012 г. избран депутатом Саратовской областной думы V созыва по списку "Единой России" (возглавлял региональную группу №12).
24 октября 2012 г. был наделен полномочиями члена Совета Федерации Федерального собрания РФ, представителя от законодательного органа государственной власти Саратовской области. Входил в комитет Совета Федерации по бюджету и финансовым рынкам. Полномочия были прекращены в 2016 г.
18 сентября 2016 года избран депутатом Государственной думы VII созыва по списку "Единой России" по Балашовскому одномандатному избирательному округу №165, Саратовская область. За него проголосовали 53,71% избирателей. Его ближайший соперник, кандидат от КПРФ Ольга Алимова, набрала 14,04%. Полномочия Исаева были прекращены досрочно 11 октября 2017 г. в связи с переходом на госслужбу.
9 октября 2017 г. назначен исполняющим обязанности заместителя главы администрации Саратова по благоустройству.
10 октября 2017 г. занял должность и. о. мэра Саратова.
В 2017-2022 гг. - глава Саратова. Был избран 10 ноября 2017 г. депутатами гордумы. 24 августа 2022 г. добровольно ушел с поста.
11 сентября 2022 г. был избран депутатом Саратовской областной думы VII созыва по Заводскому одномандатному избирательному округу № 4 (был выдвинут партией "Единая Россия"). За него проголосовали 61,94% избирателей. Второе место занял референт ЦК КПРФ Николай Бондаренко с результатом 20%.
С сентября 2022 г. по август 2024 г. - председатель Саратовской областной думы.
С августа 2024 г. по февраль 2025 г. - глава Энгельсского района Саратовской области.
В феврале 2025 г. депутаты Саратовской гордумы согласовали кандидатуру Михаила Исаева на должность первого заместителя главы администрации Саратова.
28 марта 2025 г. депутаты гордумы Саратова избрали его главой города (кандидатура Михаила Исаева была предложена конкурсной комиссией).
Член партии "Единая Россия" (с 2005 г.). Входил в президиум регионального политсовета отделения партии в Саратовской области. В январе 2013 г. был назначен руководителем Южного межрегионального координационного совета партии.