Родился 26 января 1974 г. в Саратове.
В 1993 г. окончил Саратовский монтажный техникум по специальности "технология сварочного производства", в 1999 г. - Московский государственный университет коммерции (объединен с Российским экономическим университетом им. Г. В. Плеханова) по специальности "коммерция", в 2010 г. - Саратовскую государственную академию права (ныне - Саратовская государственная юридическая академия) по специальности "юрист".
С 1993 г. - охранник в товариществе с ограниченной ответственностью "Нельсон".
С 1994 г. работал на Саратовском подшипниковом заводе. С 1995 г. был старшим инспектором отдела экономической и информационной безопасности, с 1999 г. - помощником директора, начальником общего отдела. В 2000 г. стал начальником управления общими делами предприятия - помощником генерального директора, в 2006 г. - директором по капитальному строительству и социальной политике завода. В 2007 г. был назначен на должность заместителя генерального директора Саратовского подшипникового завода по административно-хозяйственным вопросам.
12 марта 2006 г. избран депутатом Саратовской городской думы III созыва от партии "Единая Россия" по Заводскому избирательному округу №6. За него проголосовали 30,09% избирателей. Второе место занял кандидат от КПРФ Виктор Черваков - 19,94%. В городском парламенте возглавил комитет по вопросам местного самоуправления.
2 декабря 2007 г. избран депутатом Саратовской областной думы IV созыва по Заводскому избирательному округу №2 (баллотировался в порядке самовыдвижения). На выборах Михаил Исаев получил 43,69% голосов избирателей. В областном парламенте являлся заместителем председателя комитета по вопросам местного самоуправления.
4 декабря 2011 г. избран депутатом Государственной думы РФ VI созыва по списку партии "Единая Россия" (седьмой номер региональной группе №65, Воронежская область). Входил в комитет по бюджету и налогам. Полномочия были прекращены досрочно 26 октября 2012 г.
14 октября 2012 г. избран депутатом Саратовской областной думы V созыва по списку "Единой России" (возглавлял региональную группу №12).
24 октября 2012 г. был наделен полномочиями члена Совета Федерации Федерального собрания РФ, представителя от законодательного органа государственной власти Саратовской области. Входил в комитет Совета Федерации по бюджету и финансовым рынкам. Полномочия были прекращены в 2016 г.
18 сентября 2016 года избран депутатом Государственной думы РФ VII созыва по списку "Единой России" по Балашовскому одномандатному избирательному округу №165, Саратовская область. За него проголосовали 53,71% избирателей. Его ближайший соперник, кандидат от КПРФ Ольга Алимова, набрала 14,04%. Полномочия Исаева были прекращены досрочно 11 октября 2017 г. в связи с переходом на госслужбу.
9 октября 2017 г. назначен исполняющим обязанности заместителя главы администрации Саратова по благоустройству.
10 октября 2017 г. занял должность и. о. мэра Саратова.
В 2017-2022 гг. - глава Саратова. Был избран 10 ноября 2017 г. депутатами гордумы. 24 августа 2022 г. добровольно ушел с поста.
11 сентября 2022 г. был избран депутатом Саратовской областной думы VII созыва по Заводскому одномандатному избирательному округу № 4 (был выдвинут партией "Единая Россия"). За него проголосовали 61,94% избирателей. Второе место занял референт ЦК КПРФ Николай Бондаренко с результатом 20%.
С 21 сентября 2022 г. - председатель Саратовской областной думы.
Член партии "Единая Россия" (с 2005 г.). Входил в президиум регионального политсовета отделения партии в Саратовской области. В январе 2013 г. был назначен руководителем Южного межрегионального координационного совета партии.
Общая сумма декларированного дохода за 2015 г. составила 4 млн 687 тыс. руб.
Общая сумма декларированного дохода за 2016 г. составила 4 млн 607 тыс. руб., супруги - 4 млн 31 тыс. руб.