Родился 1 января 1972 г. в Москве.
В 1994 г. окончил экономический факультет Московского государственного авиационного института (МАИ; ныне Московский авиационный институт – Национальный исследовательский университет).
Кандидат экономических наук. В 2007 г. в МАИ защитил диссертацию "Организационно-экономический механизм стратегического управления Российским банком развития в целях роста инвестиций в реальный сектор экономики страны".
В 1992-2001 гг. работал в банке "Российский кредит". В 1992-1993 гг. возглавлял отдел расчетов в конвертируемых валютах, в 1994-1995 гг. - управление расчетов в ограниченно конвертируемых валютах банка. С 1995 по 1999 г. - начальник департамента регионального развития. В 1999-2000 гг. - первый заместитель председателя правления банка, с 2000 по 2001 г. - председатель совета директоров банка "Российский кредит".
В 2001-2002 гг. - президент, председатель совета директоров Импэксбанка.
С 26 июня 2002 г. по 38 мая 2004 г. - заместитель министра экономического развития и торговли РФ Германа Грефа.
С августа 2003 г. по август 2004 г. - председатель совета директоров открытого акционерного общества (ОАО) "Международный аэропорт "Шереметьево".
С апреля по ноябрь 2004 г. работал советником первого заместителя руководителя Федеральной службы безопасности РФ Сергея Смирнова.
С декабря 2004 г. по декабрь 2005 г. - директор по связям с государственными органами акционерного общества (АО) "Русал".
С декабря 2005 г. по июнь 2006 г. занимал пост председателя правления банка ОАО "Российский банк развития". Член совета директоров Финансовой лизинговой компании.
В 2005 г. вступил в партию "Единая Россия", в 2007-2016 гг. входил в состав Генерального совета партии.
В 2006-2007 гг. - первый заместитель председателя общественно-государственного объединения Всероссийское физкультурно-спортивное общество "Динамо". В этот период председателем общества был руководитель Пограничной службы ФСБ РФ генерал армии Владимир Проничев. Юрий Исаев также в 2006-2007 гг. являлся генеральным директором ЗАО "Управляющая компания "Динамо". Компания являлась застройщиком "ВТБ Арена парк" - проекта комплексной реконструкции центрального стадиона "Динамо" в Москве, который включал в себя строительство многоцелевого спортивно-развлекательного комплекса, Академии спорта "Динамо", городского квартала "Арена парк", а также возрождение парка физкультуры и спорта "Динамо".
2 декабря 2007 г. избран в Госдуму РФ пятого созыва по федеральному списку партии "Единая Россия", был вторым номером в региональной группе №41 (Воронежская область - Павловская). Член фракции партийной фракции, с 22 октября 2010 г. - заместитель председателя комитета Госдумы РФ по финансовому рынку.
С сентября 2009 г. по август 2012 г. являлся президентом футбольного клуба "Динамо".
4 декабря 2011 г. вновь избран депутатом нижней палаты парламента шестого созыва по федеральному списку "Единой России", занимал шестую позицию в региональной группе №39 (Воронежская область). Член фракции "Единая Россия", входил в состав комитета Госдумы РФ по финансовому рынку.
15 января 2013 г. Госдума РФ своим постановлением досрочно прекратила депутатские полномочия Юрия Исаева.
С 25 декабря 2012 г. по 19 января 2022 г. - генеральный директор государственной корпорации "Агентство по страхованию вкладов" (АСВ). Основная функция корпорации – обязательное страхование банковских вкладов населения.
С 26 января по 1 августа 2022 г. - заместитель председателя Банка России Эльвиры Набиуллиной.
Президент Международной ассоциации страховщиков депозитов (с 2020 г.).
Общая сумма декларированного годового дохода за 2020 г. составила 25 млн 90 тыс. 966 руб., супруги - 1 млн 726 тыс. 903 руб.
Действительный государственный советник РФ 2-го класса (2003).
Награжден орденом Александра Невского (2020), орденом Дружбы (2016). Отмечен благодарностью президента РФ (2013).