Родился 16 апреля 1948 г. в селе Сергеевка Анжеро-Судженского района Кемеровской области.
В 1979 г. он окончил Новосибирский институт инженеров водного транспорта (ныне - Сибирский государственный университет водного транспорта) по специальности "инженер-механик".
В 1997 г. в Институте экономических исследований Дальневосточного отделения Российской академии наук (Хабаровск) защитил диссертацию на соискание степени кандидата экономических наук по теме "Развитие экономики Хабаровского края в условиях реформы".
Доктор экономических наук. В 1999 г. в Институте экономических исследований Дальневосточного отделения РАН защитил диссертацию на тему "Региональное развитие в условиях рыночных реформ и либерализации внешнеэкономических связей: на примере Дальнего Востока".
Профессор (2001). Академик Российской академии наук (избран в 2008 г. по отделению общественных наук, специальность - "региональная экономика").
С 1964 г. работал судосборщиком на Хабаровском судостроительном заводе.
В 1971-1973 гг. проходил срочную службу в рядах Советской армии.
В 1973-1979 гг. - сварщик на Хабаровском судостроительном заводе.
С 1979 по 1988 г. - начальник планово-диспетчерского отдела, начальник отдела материально-технического снабжения, заместитель главного инженера, заместитель директора Хабаровского судостроительного завода.
В 1988-1990 гг. был директором Хабаровского завода строительных алюминиевых конструкций.
В 1990-1991 гг. - первый заместитель председателя исполкома - начальник Главного планово-экономического управления исполкома Хабаровского краевого Совета народных депутатов. Одновременно был депутатом Хабаровского городского Совета.
С 1991 по 2009 г. - губернатор Хабаровского края, председатель правительства региона (2001-2009).
Был назначен главой администрации края 24 октября 1991 г. указом президента РСФСР Бориса Ельцина. 8 декабря 1996 г. он победил на выборах главы Хабаровского края, получив 76,93% голосов избирателей. Его ближайший соперник, депутат Госдумы РФ Валентин Цой, набрал 7,23%. 10 декабря 2000 г. Виктор Ишаев вновь был избран главой администрации региона - за него проголосовали 87,84% (баллотировался от регионального отделения движения "Союз труда"). Второе место заняла генеральный директор ООО "Персонал- Сервис" Светлана Жукова - 6,32% (выдвинута избирателями). Инаугурация Виктора Ишаева состоялась 21 декабря 2000 г.
19 декабря 2004 г. он вновь победил на губернаторских выборах, набрав 85,34% голосов (баллотировался в порядке самовыдвижения). Вторым стал самовыдвиженец, депутат краевого парламента Геннадий Мальцев - 4,17%. 28 декабря того же года Виктор Ишаев официально вступил в должность.
5 июля 2007 г. президент РФ Владимир Путин внес его кандидатуру в парламент Хабаровского края для наделения полномочиями губернатора. Через несколько дней, 9 июля, Законодательная дума региона утвердила Виктора Ишаева в должности (за - 24 депутата, против - два). 11 июля того же года он принес присягу.
В 1993-2001 гг. был членом Совета Федерации Федерального собрания РФ, представлял в верхней палате парламента администрацию Хабаровского края. В декабре 1993 г. избирался депутатом Совфеда I созыва по Хабаровскому двухмандатному избирательному округу №27. С января 1996 г. по декабрь 2001 г. был членом Совета Федерации по должности как глава Хабаровского края. Входил в комитет СФ по международным делам.
С апреля 1995 г. являлся членом оргкомитета проправительственного движения "Наш дом - Россия", с мая 1995 г. входил в совет НДР (лидер - премьер-министр РФ Виктор Черномырдин).
В начале 2000-х гг. Виктор Ишаев был назначен руководителем рабочей группы Госсовета РФ по разработке "Концепции стратегического развития России на период до 2010 г.". Выступал против планов приватизации РАО "ЕЭС России", предлагаемых главой компании Анатолием Чубайсом. Был одним из разработчиков альтернативного доклада по реформе энергетики для Госсовета.
С декабря 2006 г. был членом бюро высшего совета партии "Единая Россия". До 2016 г. входил в высший совет партии.
30 апреля 2009 г. президент РФ Дмитрий Медведев освободил Виктора Ишаева от должности губернатора Хабаровского края и назначил его полномочным представителем президента в Дальневосточном федеральном округе (ДФО). На этом посту Ишаев сменил Олега Сафонова. Главой Хабаровского края стал Вячеслав Шпорт, вице-премьер, министр регионального правительства.
21 мая 2012 г. Виктор Ишаев возглавил образованное Министерство по развитию Дальнего Востока, заняв должность министра - полномочного представителя президента РФ в ДФО (председатель правительства - Дмитрий Медведев). Освобожден от должности 31 августа 2013 г. президентом РФ Владимиром Путиным. Свое решение президент озвучил на совещании по ликвидации последствий паводка на Дальнем Востоке, добавив, что это "плановая замена" и она не связана непосредственно с ситуацией с наводнением.
С 2 июня 2009 г. по 10 сентября 2013 г. Виктор Ишаев входил в Совет безопасности РФ.
Был руководителем Межрегиональной ассоциации экономического взаимодействия "Дальний Восток и Забайкалье".
С сентября 2013 г. по ноябрь 2018 г. занимал должность советника президента ОАО "Нефтяная компания "Роснефть" Игоря Сечина. Координировал проекты на Дальнем Востоке в ранге вице-президента.
В 2014-2017 гг. - совладелец, с 2017 г. - единоличный владелец строительной компании "Бейс" (Хабаровск), а также фирмы "Вип-пластик" (Хабаровск; торговля косметическими изделиями). Кроме того, в 2017 г. владел хабаровской строительной компанией "Дивелопер".
28 марта 2019 г. был Ишаев был задержан в Москве в рамках расследования дела о хищении средств "Роснефти". Ему предъявили обвинение в мошенничестве в особо крупном размере В июле 2020 г. следствие переквалифицировало обвинение с мошенничества на растрату в особо крупном размере. По данным следствия, в 2014-2019 гг. Ишаев организовал растрату более 7,5 млн руб., принадлежащих "Роснефти". Он обеспечил заключение договоров аренды помещения для представительства компании в Хабаровском крае с подконтрольным ему ООО "Бейс" по завышенной стоимости. Свою вину Ишаев не признал. 17 февраля 2021 г. Замоскворецкий суд Москвы признал его виновным в растрате и приговорил к пяти годам условного наказания и штрафу в размере 800 тыс. руб. Суд также частично удовлетворил гражданский иск "Роснефти", всзыскав с Ишаева и другого фигуранта дела в общей сложности более 7,5 млн руб.
Членство Виктора Ишаева в партии "Единая Россия" было приостановлено на время следствия.
Действительный государственный советник РФ I класса (2009).
Награжден орденами Трудовой Славы III степени, Почета (1996), "За заслуги перед Отечеством" IV, III и II степеней (1999, 2003 и 2008). Имеет благодарности президента РФ (2001, 2005), Почетные грамоты президента РФ (2008) и правительства РФ (1998, 2008).
Автор книг "Международное экономическое сотрудничество: региональный аспект" (1999), "Энергетический потенциал российского Дальнего Востока в стратегии национальной безопасности Российской Федерации" (2008). Являлся соавтором федеральной целевой программы "Социально-экономическое развитие Дальнего Востока и Забайкалья на период 2005-2010 гг.".
Женат. Супруга - Любовь Григорьевна (род. 1950). Сын Дмитрий, выпускник Тихоокеанского высшего военно-морского училища, был советником в компании "Роснефть", консультантом в ООО "Петротрейд-М", ныне владелец ряда коммерческих фирм в Хабаровске. Дочь Юлия, окончила Финансовую академию (Москва), работала в центральном аппарате Минэкономразвития РФ.