Родился 5 июня 1958 г. в г. Камышине Сталинградской (ныне Волгоградской) области.
В 1979 г. окончил с золотой медалью Камышинское высшее военно-строительное командное училище (КВВСКУ) по специальности инженер-энергетик. В 1988 г. - с отличием философский факультет Киевского государственного университета (ныне Киевский национальный университет им. Тараса Шевченко) по специальности философ, преподаватель философии. В 1991 г. окончил аспирантуру университета.
Доктор философских наук; в 1999 г. в Российском государственном педагогическом университете им. А. И. Герцена (Санкт-Петербург) защитил диссертацию на тему "Основные конфронтации русских религиозно-философских и политических течений. XI-XX в.". Профессор (2002).
С 1979 по 1989 г. служил в Вооруженных силах (ВС) СССР. Занимал различные должности в КВВСКУ (1979-1987), был заместителем командира войсковой части на космодроме Байконур (1987-1989). Из ВС уволился в звании майора.
В 1990-2003 гг. работал в Кабардино-Балкарском государственном университете (Нальчик) лаборантом, ассистентом, старшим преподавателем, доцентом, профессором кафедры философии.
С 2003 по 2005 г. занимал должность профессора кафедры современных проблем философии Российского государственного гуманитарного университета (РГГУ, Москва).
В 2005 г. стал профессором кафедры социальной философии философского факультета РГГУ, а в сентябре 2007 г. избран заведующим этой кафедры.
С 2007 по 2012 г. - начальник отдела магистерских программ РГГУ. С 2005 г. - руководитель магистерской программы философского факультета. Руководитель международной российско-французской магистерской программой "Историко-философские и социальные исследования" (РГГУ - Сорбонна - Сен-Дени).
В 2012-2016 гг. - главный научный сотрудник Центра стратегии развития образования и организационно-методической поддержки программ Федерального института развития образования Минобрнауки России.
В 2016-2017 гг. - ректор Российского государственного гуманитарного университета. 15 февраля был выдвинут ученым советом РГГУ (в ходе тайного голосования за него проголосовали 24 из 47 участников заседания), 3 марта его кандидатуру утвердило Министерство образования и науки РФ. Сменил на этой должности Ефима Пивовара, который возглавлял университет с 2006 г. 29 августа 2017 г. в департаменте информационной политики Минобрнауки сообщили, что Ивахненко был уволен с поста ректора. Причину увольнения в ведомстве не уточняли.
Входит в состав редколлегий журналов "Высшее образование в России" (Москва), "Информационное общество" (Москва), "Актуальные вопросы естествознания" (Нальчик).
Награжден медалью "За безупречную службу" (за службу в ВС СССР).
Опубликовал более 120 научных работ, в том числе три монографии. Среди основных трудов: "Российская альтернатива "притерпелости" - веротерпимость и толерантность" (2001), "Онтология конфликта и стратегия посредничеств" (2003), "Интеллектуальные споры XVII века: "грекофилы" и "латынщики" (2006), "Наука и религия в русском Просвещении: от столкновения и конфликта к компромиссу и взаимодействию" (2009), "Изменение стратегий осмысления сложного: от метафизики и целерациональности к коммуникативной контингентности" (2011), "Трансдисциплинарность в действии" (2015) и др.
Увлекается художественной литературой и поэзией, спортом.