Родился 18 августа 1942 г. в столице Верхней Вольты (с 1984 г. - Буркина-Фасо) Уагадугу.
В 1963 г. окончил колледж Жан-Батиста де ла Салля в Уагадугу. В 1964-1968 гг. обучался в Университете Дакара (Сенегал). В 1979 г. окончил Университет Бордо (Франция), получил диплом в области публичного права. В 1972 г. окончил Университет Пантеон-Сорбонна (Париж 1). В 1973 г. прошел курсы международной дипломатии в Европейском центре Фонда Карнеги (Женева, Швейцария).
В 1990 г. защитил докторскую диссертацию по политологии в Университете Сорбонны (Париж 1). Тема диссертации: "Государства Совета согласия (Бенин, Буркина-Фасо, Кот-д'Ивуар, Нигер, Того) и страны Востока: идеологическая враждебность в условиях дипломатического сотрудничества".
После окончания учебы вернулся в Верхнюю Вольту. Поступил на службу в министерство иностранных дел, где занимал должности директора отделов международного сотрудничества (1976-1978), международных отношений (1978-1979), связей с международными организациями (1979-1981). В 1978-1980 гг. также был советником министра иностранных дел Муссы Каргугу по правовым вопросам и международному сотрудничеству.
В 1981-1982 гг. занимал пост постоянного представителя Верхней Вольты в ООН. В 1982 г. был заместителем председателя Генеральной ассамблеи ООН.
В 1982 г. был назначен министром иностранных дел Верхней Вольты в правительстве полковника Сайе Зербо. Кафандо сохранил должность министра и после военного переворота 7 ноября 1982 г. в правительстве Жана-Батиста Уэдраого.
В 1983 г. Кафандо выступил одним из инициаторов ареста капитана Тома Санкара, занимавшего в то время пост премьер-министра. Санкару подозревали в подготовке антиправительственного коммунистического заговора при поддержке ливийского лидера Муаммара Каддафи. Кафандо был одним из главных сторонников либерального экономического курса и противником марксистского крыла в правительстве.
После того как 4 августа 1983 г. в стране произошла революция под руководством "молодых капитанов" во главе с Санкара и Блэзом Компаоре, Кафандо был выведен из состава правительства и переехал во Францию.
В 1998 г. снова был назначен постоянным представителем страны в ООН, проработав на этом посту до 2011 г.
В 2007 г. Буркина-Фасо была избрана непостоянным членом Совета безопасности на 2008-2009 гг. В сентябре 2008 г. и декабре 2009 г. Кафандо занимал кресло председателя СБ ООН.
В 2011 г. Кафандо вышел на пенсию и, вернувшись в Буркина-Фасо, занялся развитием собственной фермы.
14 ноября 2014 г., спустя две недели после того как президент Блэз Компаоре под давлением народных протестов был вынужден уйти в отставку и покинуть Буркина-Фасо, Мишель Кафандо был назван одним из пяти кандидатов на пост президента переходного правительства. 17 ноября в ходе переговоров между военными, представителями политической оппозиции, гражданского общества, религиозными лидерами и традиционной аристократией он, согласно принятой Хартии переходного периода, был избран на должность президента до проведения всеобщих демократических выборов, намеченных на октябрь 2015 г. Он также получил портфель министра иностранных дел и регионального сотрудничества.
В июле 2015 г., в связи с конфликтом между премьер-министром Исааком Зида и руководством Полка президентской безопасности (ППБ) Кафандо вынужден был дополнительно занять пост министра национальной обороны, ранее принадлежавший премьер-министру. 16 июля он также взял на себя полномочия министра безопасности, в то же время отказавшись от портфеля министра иностранных дел.
16 сентября во время очередного заседания кабинета правительства солдаты ППБ арестовали президента Кафандо, премьер-министра Зида и двух министров правительства. На следующее утро представители военных и бывшей правящей партии Конгресс за демократию и прогресс (КДП) объявили о роспуске переходного правительства и парламента, а также об отстранении от должности президента. Недовольство военных вызвало решение о роспуске ППБ, а также то, что кандидаты от КДП не были допущены к намеченным на октябрь президентским выборам. Под давлением международного сообщества и стартовавшей в стране кампании гражданского неповиновения, объявленной политическими и общественными лидерами, был освобожден 18 сентября. 23 сентября по условиям соглашений между мятежными военными ППБ и руководством регулярной армии, сохранившей верность законному правительству, вернулся к своим обязанностям.
29 ноября 2015 г. в Буркина-Фасо состоялись парламентские и президентские выборы, победу на которых одержала партия Национальное движение за прогресс и ее лидер Рок Марк Кристиан Каборе. 29 декабря Кафандо официально передал полномочия Каборе, после чего переходный период в Буркина-Фасо, начатый после свержения режима Компаоре в октябре 2014 г., был завершен.
В феврале 2016 г. возглавил миссию наблюдателей Международной организации франкофонии за общенациональными выборами в Нигере (21 февраля 2016 г.).
5 мая 2017 г. был назначен специальным посланником ООН в Бурунди.
Мишель Кафандо является командором Национального ордена и офицером Почетного легиона Франции.
Женат, имеет двух детей.