Родился 23 апреля 1958 г. в г. Петрозаводске Карельской АССР (ныне - Республика Карелия, РФ).
В 1980 г. окончил Петрозаводский государственный университет им. О.В. Куусинена по специальности "физик-преподаватель".
В 1999 г. в Российской экономической академии им. Г.В. Плеханова (ныне - одноименный университет) защитил диссертацию на соискание степени кандидата экономических наук по теме "Становление системы профессионального обучения кадров для сферы малого предпринимательства".
Доктор экономических наук. В 2012 г. в Московском негосударственном финансово-промышленном университете "Синергия" защитил диссертацию по теме "Корпоративное обучение как фактор обеспечения конкурентоспособности российских предпринимательских структур".
С 1980 по 1983 гг. - инженер научно-исследовательского сектора Петрозаводского государственного университета.
С 1983 г. - на комсомольской работе. В 1983-1985 гг. - инструктор Карельского обкома Всесоюзного ленинского коммунистического союза молодежи (ВЛКСМ).
В 1985-1986 гг. - второй секретарь Ленинского райкома ВЛКСМ г. Петрозаводска.
В 1986-1987 гг. - заведующий отделом Карельского обкома ВЛКСМ.
С 1987 по 1990 г. - первый секретарь Петрозаводского горкома ВЛКСМ, затем - секретарь Карельского обкома ВЛКСМ.
В 1990-1991 гг. - заведующий отделом Центрального комитета Ленинского коммунистического союза молодежи (ЦК ЛКСМ) РСФСР.
С ноября 1991 г. по 1993 г. - секретарь ЦК Российского союза молодежи (лояльная российским властям организация, унаследовавшая собственность ВЛКСМ на территории РСФСР).
В 1993‑1994 гг. — директор общества с ограниченной ответственностью "Центр "Возрождение предпринимательства" (Москва).
С 1994 по 2003 г. - проректор московской Академии менеджмента и рынка.
В 2003 г. занимал пост директора негосударственного образовательного учреждения "Институт предпринимательства и инвестиций".
С 2003 по 2007 г. - ректор Академии менеджмента и рынка.
С 2006 по 2011 гг. - руководитель Негосударственного образовательного учреждения "Корпоративный университет "Норильский никель", который курировала заместитель генерального директора компании по персоналу и социальной политике Ольга Голодец (ныне – вице-премьер РФ).
В 2010-2011 гг. - ректор Академии менеджмента и рынка.
С февраля 2011 г. по июнь 2013 г. занимал должность первого заместителя руководителя Департамента образования города Москвы Исаака Калины. Ранее, в декабре 2010 г. пост вице-мэра Москвы по вопросам образования и здравоохранения заняла Ольга Голодец. Вениамин Каганов в правительстве столицы отвечал за вопросы развития системы образования, курировал разработку первой государственной программы "Столичное образование на период 2012-2016 гг.".
С 25 июня 2013 г. по 15 сентября 2017 г. - заместитель министра образования и науки РФ. Ведомство в этот период возглавляли Дмитрий Ливанов, а затем с августа 2016 г. - Ольга Васильева. Каганов в ведомстве координировал работу в сфере дополнительного образования, воспитания детей и молодежи, в том числе реализации Национальной стратегии действий в интересах детей на 2012-2017 гг.
С сентября 2017 г. по январь 2020 г. – помощник вице-премьера правительства РФ Ольги Голодец, отвечал за вопросы образования и защиты детства.
Профессор кафедры зарубежного регионоведения и международного сотрудничества Института государственной службы и управления Российской академии народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ. Также преподает в Российском международном олимпийском университете.
Заместитель председателя Правительственной комиссии по делам несовершеннолетних и защите их прав (с 2014 г.), также входит в состав правительственных комиссий по миграционной политике (с 2013 г.), по делам соотечественников за рубежом (с 2013 г.), по вопросам религиозных объединений (с 2013 г.), по экономическому развитию и интеграции (с 2014 г.), по профилактике правонарушений (с 2015 г.), по повышению конкурентоспособности и регулированию алкогольного рынка (с 2017 г.).
Член Комиссия при президенте РФ по государственным наградам (с 2017 г.), Совета по русскому языку при правительстве РФ (с 2013 г.).
Член правления Фонда "Русский мир" (с 2013 г.).
Являлся заместителем председателя Комитета по развитию частного предпринимательства, малого и среднего бизнеса Торгово-промышленной палаты РФ (в 2000-х гг.).
Общая сумма декларированного годового дохода за 2016 г. составила 5 млн 103 тыс. руб., супруги – 1 млн 34 тыс. руб.
Лауреат премии правительства РФ в области образования за цикл работ "Методология и технологии вузовской подготовки обучающихся к инновационной деятельности".
Автор книги "Корпоративный университет "Норильский Никель": опыт лидера" (2008).
Женат. Есть дочь.