Родился 16 декабря 1866 г. в Москве в семье купца 1-й гильдии Василия Сильвестровича Кандинского и Лидии Ивановны Тихеевой.
В 1871 г. семья переехала в Одессу; родители развелись, мать создала новую семью, а Василия воспитывали отец и тетя. В этом городе он обучался в классической гимназии, а также посещал частные уроки музыки и рисования. В 1885 г. вернулся в Москву.
В 1893 г. окончил юридический факультет Московского университета, после чего, став доцентом, приступил к преподавательской деятельности. Являлся действительным членом Московского юридического общества.
В 1895-1896 гг. был художественным директором Кушнеревской типографии в Москве.
В конце 1896 г., приняв решение сосредоточиться на занятиях искусством, переехал в Мюнхен (Германия), где обучался живописи в частной школе Антона Ажбе и в Академии художеств под руководством Франца фон Штука. В своих воспоминаниях Кандинский отмечал, что на его выбор повлияли посещение выставки французских импрессионистов в Москве в 1895 г. и постановка оперы Рихарда Вагнера "Лоэнгрин" в Большом театре.
В 1901 г. стал основателем мюнхенского выставочно-учебного общества "Фаланга".
В 1903-1907 гг. много путешествовал, занимался живописью, принимал участие в российских и европейских художественных выставках.
С 1908 г. проживал в пригороде Мюнхена Мурнау. В 1909 г. основал в Мюнхене творческое объединение "Новое художественное общество", в которое вошли русские и немецкие мастера. Оно просуществовало два года.
В 1911 г. вместе с немецким художником Франком Марком организовал творческую группу "Синий всадник", участники которой видели свою задачу в освобождении от традиций академической живописи, стремились к достижению равноправия всех форм искусства. В следующем году стал одним из создателей одноименного альманаха, авторы которого представляли идеи западноевропейского авангардизма. Тогда же в Берлине (Германия) была проведена его первая персональная выставка.
В конце 1914 г. вернулся в Москву. После 1917 г. работал в московском отделе ИЗО Народного комиссариата просвещения, в Институте художественной культуры, преподавал во ВХУТЕМАСе (Высшие художественно-технические мастерские; учебное заведение, созданное в 1920 г.) и Московском университете, был вице-президентом Государственной академии художественных наук (ГАХН), занимался реорганизацией музейного дела в РСФСР.
В 1921 г. был направлен в Германию для создания международного отдела ГАХН. Получив приглашение преподавать в художественной школе "Баухаус", решил не возвращаться в Советскую Россию. Работая в городах Веймар и Дессау, вел класс аналитического рисунка и мастерскую настенной живописи, изучал вопросы дизайна.
В 1928 г. получил немецкое гражданство, однако в 1933 г. после прихода нацистов к власти и закрытия "Баухауса" покинул Германию и переселился во Францию. Через шесть лет, когда ему было отказано в продлении немецкого паспорта, принял французское гражданство. В последние годы жизни продолжал творческую деятельность, поддерживал связь с деятелями международного художественного авангарда и русскими эмигрантами.
Скончался от кровоизлияния в мозг 13 декабря 1944 г. в пригороде Парижа Нейи-сюр-Сен в возрасте 77 лет. Похоронен на кладбище в Нейи-сюр-Сен.
Был дважды женат. Первая супруга - Анна Чемякина, вторая - Нина Андреевская. От второго брака имел сына Всеволода (1917-1920).