Родился 28 января 1972 г. в пос. Найсяй (Шяуляйский район Литовской ССР, ныне Литовская Республика). Его отец был председателем колхоза, мать - дефектологом. Старший брат Рамунас - литовский бизнесмен и политик, председатель партии Союз крестьян и "зеленых" Литвы.
В 1994 г. Миндаугас Карбаускис окончил в Вильнюсе театральный факультет Литовской академии музыки (ныне Литовская академия музыки и театра), в 2001 г. в Москве - режиссерский факультет Российской академии театрального искусства - ГИТИС (ныне Российский институт театрального искусства - ГИТИС), где учился в мастерской народного артиста РФ Петра Фоменко.
Работа в театре
С 2001 по 2007 г. Миндаугас Карбаускис работал режиссером в Московском театре-студии под руководством Олега Табакова (ныне Московский театр Олега Табакова). Поставил в нем спектакли "Лицедей" по пьесе Томаса Бернхарда, "Синхрон" по произведению Томаса Хюрлимана, "Дядя Ваня" по пьесе Антона Чехова, "Когда я умирала" по роману Уильяма Фолкнера, "Рассказ о семи повешенных" по произведению Леонида Андреева, "Рассказ о счастливой Москве" по роману Андрея Платонова "Счастливая Москва" и др.
В первой половине 2000-х гг. в Московском художественном театре им. А. П. Чехова осуществил постановки "Старосветские помещики" по произведению Николая Гоголя и "Копенгаген" по пьесе Майкла Фрейна.
В 2005 г. в Московском театре "Мастерская Петра Фоменко" выпустил спектакль "Гедда Габлер" по произведению Генрика Ибсена.
В 2010-2011 гг. сотрудничал с Российским академическим молодежным театром. Инсценировал в нем романы "Ничья длится мгновение" Ицхокаса Мераса и "Будденброки" Томаса Манна.
С мая 2011 г. по февраль 2022 г. Миндаугас Карбаускис являлся художественным руководителем Московского академического театра им. Вл. Маяковского. Поставил на его сцене десять спектаклей. В их числе: "Таланты и поклонники" по комедии Александра Островского, "Кант", "Русский роман" и "Изгнание" по произведениям Марюса Ивашкявичюса, "Плоды просвещения" по пьесе Льва Толстого, "Обломов" по роману Ивана Гончарова, "Школа жен" по комедии Мольера.
Педагогическая деятельность
В 2017-2021 гг. Миндаугас Карбаускис руководил мастерской на актерском факультете Российского института театрального искусства - ГИТИС.
Награды
Миндаугас Карбаускис удостоен премии города Москвы в области литературы и искусства в номинации "Театральное искусство" (2020).
Лауреат театральной премии "Золотая маска" в категории "Драма. Работа режиссера" (2005 - "Когда я умирала", 2008 - "Рассказ о счастливой Москве").
Постановки режиссера были отмечены "Золотой маской" в номинациях "Драма. Спектакль малой формы" (2005 - "Когда я умирала") и "Драма. Спектакль большой формы" (2017, "Русский роман"), а также театральной премией "Хрустальная Турандот" в категории "Лучший спектакль" (2004 - "Когда я умирала", 2006 - "Рассказ о семи повешенных").