Родился 7 октября 1950 г. в послке Мсога, округа Багамойо области Пвани, Танзания.
В 1975 г. окончил Университет Дар-эс-Салама.
Бакалавр экономики.
После окончания университета поступил на военную службу, занимал должность главного политического инструктора Народных сил безопасности Танзании в Центральной военной академии в Мондули.
Занимал различные должности в правящей Революционной партии (суахили - Chama Cha Mapinduzi, ЧЧМ) в областях Сингида, Табора, округах Начингве области Линди и Масаси области Мтвара.
В 1988 г. был назначен членом парламента и заместителем министра энергетики.
В 1990 г. избран депутатом парламента от округа Багамойо.
В 1990 - 94 гг. занимал должность министра энергетики, водных и минеральных ресурсов.
В 1994 - 95 гг. - министр финансов.
В 1995 - 2005 гг. - министр иностранных дел и международного сотрудничества. Руководя внешней политикой Танзании, Киквете активно участвовал в процессе мирного урегулирования этнополитических конфликтов в Бурунди, Конго (ДРК), а также учреждении и разработке законодательной базы созданного в 2000 г. Восточноафриканского сообщества (ВАС), объединившего Танзанию, Кению и Уганду (в 2007 г. к организации также присоединились Руанда и Бурунди). 2 марта 2004 г. в Аруше (Танзания) был подписан протокол об учреждении Таможенного союза ВАС, установившего беспошлинную торговлю внутри Сообщества и пределы общих таможенных пошлин для товаров извне. Документ официально вступил в силу с начала 2005 г.
В июле 2003 г. Джакайя Киквете посетил с рабочим визитом Россию.
Накануне президентских выборов 2005 г. Киквете был выдвинут официальным кандидатом от ЧЧМ. 14 декабря 2005 г. он был избран президентом Танзании, получив на выборах более 80% голосов избирателей. В 2006 г. был также избран председателем ЧЧМ. 31 октября 2010 г. был переизбран на второй президентский срок (62,8 % голосов).
Главным направлением политики Киквете на посту президента Танзании было привлечение в танзанийскую экономику иностранных инвестиций, борьба с бедностью, а также дальнейшее развитие интеграционных процессов в Восточной Африке. В 2010 г. был официально запущен механизм Общего рынка ВАС, а 3 декабря 2013 г. в Кампале (Уганда) подписан протокол о переходе на единую валюту в течении десяти лет.
По истечении второго президентского срока 5 ноября 2015 г. Джакайя Киквете официально сложил полномочия, передав власть избранному на всеобщих выборах новому президенту Джону Магуфули.
С 17 января 2016 г. - ректор Университета Дар-эс-Салама.
1 февраля 2016 г. назначен спецпосланником Африканского союза в Ливии.
Джакайя Киквете неоднократно участвовал в работе международных организаций, представляя в них свою страну и занимая руководящие посты в их аппаратах:
- сопредседатель Совета министров Организации африканского единства (1997).
- председатель Совета министров Восточноафриканского сообщества (1997).
- председатель Группы 77 (1997).
- сопредседатель Совета министров САДК (2004).
- председатель Африканского союза (2008).
- председатель Восточноафриканского сообщества (2010).
- председатель Комиссии лидеров африканских стран по борьбе с малярией (2010 - 2011).
Имеет звание подполковника ВС Танзании.
Удостоен высших правительственных наград Уганды (2007), Коморских Островов, Саудовской Аравии, Ямайки (все - 2009), Омана (2012).
Является почетным доктором наук Университетов Додомы (Танзания, 2010) и Гуэлфа (Канада, 2013), почетным профессором Китайского сельскохозяйственного университета (2014), почетным доктором права Университетов св. Томаса (шт. Миннесота, США, 2006), Дар-эс-Салама (Танзания, 2011) и Ньюкасла (Австралия, 2015), почетным доктором гуманитарных наук Университета Кениатты (Кения, 2008), почетным доктором международных отношений Университета Фатиха (Турция, 2010)
Женат на Сальме Киквете, имеет с ней восьмерых детей.