Родился 13 августа 1951 г. Отец - Вадим Алексеевич Кирпиченко (1922-2005), советский разведчик, генерал-лейтенант, был резидентом в Египте, Тунисе и др. Руководил африканским отделом внешней разведки, нелегальной разведкой (управление "С" Первого главного управления КГБ СССР), был первым заместителем начальника внешней разведки. В декабре 1979 г., накануне ввода в Афганистан советских войск, был направлен в Кабул. С конца 1990-х гг. Вадим Кирпиченко возглавлял группу консультантов Службы внешней разведки России. Мать - Валерия Николаевна Кирпиченко (1930-2015), доктор филологических наук, научный сотрудник Института востоковедения РАН.
В 1973 г. Сергей Кирпиченко окончил факультет международных отношений Московского государственного института международных отношений МИД СССР (ныне - МГИМО МИД РФ).
Более 45 лет состоял на дипломатической службе. В 1973-1975 гг. был сотрудником посольства СССР в Сирийской Арабской Республике. В 1983-1988 гг. работал в советском посольстве в Иорданском Хашимитском Королевстве.
С 1991 по 1995 г. Сергей Кирпиченко был советником-посланником посольства СССР/РФ в Королевстве Саудовская Аравия.
В 1995-1998 гг. - первый заместитель директора Департамента Ближнего Востока и Северной Африки МИД России.
30 января 1998 г. Сергей Кирпиченко был назначен чрезвычайным и полномочным послом РФ в Объединенных Арабских Эмиратах. 26 декабря 2000 г. назначен российским послом в Ливии.
В 2004-2006 гг. он был послом по особым поручениям МИД России.
С 1 декабря 2006 г. по 7 сентября 2011 г. - чрезвычайный и полномочный посол РФ в Сирийской Арабской Республике.
7 сентября 2011 г. указом президента РФ Сергей Кирпиченко был назначен чрезвычайным и полномочным послом России в Египте и по совместительству полпредом РФ при Лиге Арабских Государств.
Скончался 2 сентября 2019 г. в больнице Каира (Египет).
Имел дипломатический ранг чрезвычайного и полномочного посла (2007).
Был награжден орденами Дружбы (2011), Почета (2019). Удостоен благодарности президента РФ (2009).
Владел арабским, английским и французским языками.
Был женат, есть дочь и сын.