Родилась 26 февраля 1950 г. в городе Гамильтон на севере Новой Зеландии в семье фермера и учительницы. Старшая из четырех дочерей.
В 1971 г. окончила бакалавриат, а в 1974 г. - магистратуру Оклендского университета, где изучала политологию.
Политической деятельностью начала заниматься еще в студенческие годы - участвовала в акциях протеста против войны во Вьетнаме, против апартеида в Южной Африке, против ядерных испытаний в Тихом океане и размещения иностранных военных баз в Новой Зеландии. В 1971 г. вступила в Лейбористскую партию Новой Зеландии (ЛПНЗ).
В 1973 г. начала преподавать политологию в Оклендском университете.
В 1975 г. впервые приняла участие в парламентских выборах от ЛПНЗ, но не сумела набрать достаточное количество голосов. С 1981 г. неоднократно избиралась в парламент (до 2009 г.). Возглавляла специальные комитеты по международным отношениям, по разоружению и контролю за вооружениями, по обороне.
В период с 1987 по 1990 г. занимала разные посты в правительстве Новой Зеландии: была министром сохранения природного наследия, жилищного строительства, здравоохранения, труда, заместителем премьер-министра.
В 1990-1993 гг. – заместитель председателя ЛПНЗ.
В 1993 г. возглавила Лейбористскую партию и до 1999 г. являлась лидером парламентской оппозиции.
После победы ЛПНЗ на выборах 1999 г. стала премьер-министром страны. Занимала эту должность три срока подряд (до 2008 г.). На посту главы правительства поддерживала независимый курс во внешней политике, в частности, отказалась от участия в операции в Ираке в 2003 г. в составе коалиционных сил под руководством США.
На парламентских выборах 2008 г. ЛПНЗ уступила Национальной партии Новой Зеландии под руководством Джона Ки, после чего Кларк покинула пост лидера ЛПНЗ.
В 2009-2017 гг. - администратор Программы развития ООН (ПРООН). Также возглавляла Группу по вопросам развития ООН (координирует деятельность 33 ведомств ООН, занимающихся проблемами развития).
Отмечена орденом Новой Зеландии (высшая государственная награда страны, 2009). Также имеет Звезду Соломоновых Островов (2005 г.)
В 2006 г. американский журнал "Форбс" поместил Хелен Кларк на 20-е место в списке ста самых влиятельных женщин мира.
В 2008 г. получила специальный приз премии "Чемпионы Земли", присуждаемой Программой ООН по окружающей среде.
Почетный доктор Оклендского университета (2009).
Замужем за Питером Дейвисом, профессором Оклендского университета.