Родился 27 апреля 1963 г. в Ленинграде (ныне - Санкт-Петербург).
В 1989 г. окончил Ленинградский инженерно-строительный институт (ныне - Санкт-Петербургский государственный архитектурно-строительный университет) по специальности "автомобили и автомобильное хозяйство".
Кандидат экономических наук. В 1995 г. в Санкт-Петербургском университете экономике и финансов (ныне - Санкт-Петербургский государственный экономический университет) защитил диссертацию по теме "Прогнозирование регионального рынка недвижимости".
В 1983-1985 гг. проходил срочную службу в Советской армии.
В 1989-1990 гг. работал механиком на ленинградской автобазе Государственного комитета по иностранному туризму СССР.
После этого занялся предпринимательством. В 1990-1992 гг. был заместителем директора Ассоциации предприятий и обществ "Инвест". В 1992-1998 гг. был генеральным директором совместного предприятия "Петровский трейд хаус". Эта компания в 1995 г. стала одним из основных акционеров Промышленно-строительного банка (ПСБ). В 1996-2005 гг. Владимир Коган возглавлял набсовет этого кредитного учреждения.
В 1998-2005 гг. - президент ЗАО "Банкирский дом Санкт-Петербург". В 2005 г. временно оставил бизнес, продав Внешторгбанку 75% акций ПСБ.
В ноябре-декабре 2005 г. был генеральным директором федерального казенного предприятия "Северо-Западная Дирекция Госстроя России - Дирекция комплекса защитных сооружений г. Санкт-Петербурга от наводнений". С декабря 2005 по июль 2008 гг. являлся заместителем главы Федерального агентства по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству (ведомство в те годы возглавляли Сергей Круглик и Владимир Бланк). При этом главным проектом Когана остался комплекс защиты Санкт-Петербурга о наводнений. При нем было возобновлено строительство этого объекта, заброшенное в конце 1980-х гг.
В июле 2008 г был назначен директором департамента строительства Министерства регионального развития РФ. На этом посту продолжал курировать строительство дамбы в Финском заливе, которое было завершено в 2011 г. В тот же период был председателем совета директоров "Мосметростроя".
С 11 июля по 24 декабря 2012 г. был главой Федерального агентства по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству - заместителем министра регионального развития РФ (ведомства в то время возглавляли Олег Говорун, затем - Игорь Слюняев).
В 2013-2016 гг. Владимир Коган был президентом нефтепрерабатывающей группы компаний "Нефтегазиндустрия". По данным СМИ, контролировал его до своей кончины.
В 2015 г. выступил частным санатором банка "Уралсиб", выкупив его акции у предыдущего владельца, Николая Цветкова.
С 14 апреля 2016 г. - председатель наблюдательного совета банка "Уралсиб", с 1 ноября 2016 г. - президент банка. Санация прошла успешно, в настоящее время Уралсиб входит в топ-20 в России по размеру активов. До своей кончины Коган оставался владельцем 81,8% акций банка.
Был одним из учредителей Фонда поддержки олимпийцев России. Владел 36% акций ЗАО "Филин фильм" - киностудии режиссера Вадима Дубровицкого.
В 2018 г. перенес инсульт. Скончался 20 июня 2019 г.
В 2018 г. в первый и последний раз вошел в список миллиардеров мира по американской версии журнала Forbes. Тогда издание поместило его на 1999-е место в мире с состоянием в 1,1 млрд долларов. В 2019 г., по русской версии Forbes, его состояние оценивалось в 750 млн долларов (140-е место в России).
Был награжден орденами "За заслуги перед Отечеством" IV степени (2011), Почета (2018). Отмечен благодарностью президента РФ (2004), почетной грамотой правительства РФ (2008).
Был женат, четверо детей. Вдова, Людмила, возглавляет фирму "БФА-Девелопмент" (бывший "Петровский трейд хаус").