Родился 1 сентября 1970 г. в г. Прокопьевске Кемеровской области.
В 1993 г. окончил Кубанский государственный университет (КубГУ, Краснодар) по специальности "филолог, преподаватель русского языка". В 1995 г. получил в КубГУ второе высшее образование по специальности "юрист".
Кандидат юридических наук. В 2006 г. в Кубанском государственном аграрном университете защитил диссертацию на тему "Осуществление и защита права государственной собственности субъектов Российской Федерации".
В 1991-1994 гг. работал юридическим консультантом, заведовал юридическим сектором АО "Плутос" (Краснодар).
В 1994-1995 гг. был старшим юрисконсультом и ведущим специалистом юридического отдела управления делами администрации Краснодарского края.
С 1995 по 2001 г. являлся заместителем, первым заместителем начальника правового управления администрации Краснодарского края, начальником отдела систематизации и правовой экспертизы нормативных правовых актов краевой администрации.
В 2001-2003 гг. - заместитель руководителя аппарата, начальник правового управления администрации Краснодарского края.
С августа 2003 г. по июль 2014 г. занимал должность заместителя губернатора Краснодарского края Александра Ткачева, курировал вопросы имущественных, земельных и правовых отношений. В качестве заместителя главы региона также руководил департаментом имущественных отношений Краснодарского края.
В июле 2014 г. был назначен заместителем начальника главного управления федерального имущества Управления делами президента РФ. С 30 июля того же года - и. о. начальника, с 23 января 2015 г. - начальник этого управления.
С 12 марта по 22 апреля 2015 г. - заместитель руководителя Управления делами президента РФ.
С 2015 г. Вениамин Кондратьев возглавляет Краснодарский край: с 2015 г. как глава администрации (губернатор), с 2022 г. как губернатор Краснодарского края (с связи с переименованием должности).
22 апреля 2015 г. указом главы государства был назначен временно исполняющим обязанности главы администрации (губернатора) Краснодарского края (сменил во главе региона Александра Ткачева).
13 сентября 2015 г. одержал победу на прямых выборах губернатора Краснодарского края, получив 83,64% голосов избирателей (баллотировался от партии "Единая Россия"). Его ближайший соперник, депутат краевого заксобрания от КПРФ Николай Осадчий, набрал 7,88%. 22 сентября того же года Вениамин Кондратьев вступил в должность.
В единый день голосования 13 сентября 2020 г. вновь был избран главой администрации (губернатором) Краснодарского края. За него проголосовали 82,97% избирателей (был выдвинут "Единой Россией"). Второе место занял секретарь комитета краевого отделения КПРФ Александр Сафронов (8,21%). 23 сентября того же года состоялась инаугурация избранного губернатора.
14 сентября 2025 г. в третий раз победил на прямых выборах губернатора Краснодарского края, набрав 83,17% голосов избирателей (баллотировался от "Единой России"). Его ближайший соперник, секретарь комитета краевого отделения КПРФ, депутат гордумы Краснодара Александр Сафронов (от КПРФ), получил 8,56%. 25 сентября того же года Вениамин Кондратьев официально вступил в должность.
Член Государственного совета РФ.
Награжден орденами "За заслуги перед Отечеством" IV и III степеней (2021, 2025), Александра Невского (2017) и Дружбы (2022).