После прохождения срочной службы в 1980 г. поступил на разведывательный факультет Рязанского высшего воздушно-десантного училища. Окончив его, служил в Крыму в 10-й отдельной бригаде специального назначения ГРУ Генштаба. В 1985-1987 гг. воевал в Афганистане в составе 186-го отдельного отряда 22-й бригады спецназа ГРУ Генштаба.
5 января 1987 г. в составе разведгруппы под командованием майора Евгения Сергеева старший лейтенант Владимир Ковтун в бою в Мельтанайском ущелье (провинция Кандагар) захватил документацию и образец зенитно-ракетного комплекса "Стингер", который США поставляли моджахедам.
Был дважды представлен к званию Героя Советского Союза, но награжден не был. По словам самого Ковтуна, это произошло из-за ранее заведенного на него уголовного дела. Командир отряда Евгений Сергеев был удостоен звания Героя РФ посмертно в 2012 г.
Всего за время службы в спецназе Владимир Ковтун получил семь пулевых ранений, три тяжелые контузии.
В 1999 г. был уволен в запас по состоянию здоровья в звании полковника.
После отставки был совладельцем московского частного охранного предприятия "Антикриминал" (прекратило работу в 2002 г.).
В 2000 г. Владимир Ковтун стал директором птицефабрики "Александровская" в деревне Недюревка Александровского района Владимирской обл. Ему удалось превратить разорившееся предприятие в одно из самых крупных фермерских хозяйств региона (по данным "СПАРК-Интерфакс", выручка в 2017 г. - 272 млн руб., чистая прибыль - 16 млн руб.).
Соучредитель петербургского Благотворительного фонда содействия развитию военно-патриотического воспитания молодежи и спортивных единоборств имени Сергеева Е. Г.
15 февраля 2019 г. президент РФ Владимир Путин присвоил Владимиру Ковтуну звание Героя России "За героизм, мужество и отвагу, проявленные при выполнении специальных заданий в условиях, сопряженных с риском для жизни".
Награжден двумя орденами Красной звезды.
Женат, супруга Светлана. Имеет дочерей Анну и Светлану.