Родился 6 августа 1959 г. в Пензе. По национальности - татарин. Отец - генерал-лейтенант Минюр Кулахметов, в 1980-1989 гг. занимал должность заместителя командующего Ленинградским военным округом.
В 1980 г. окончил Ленинградское высшее общевойсковое командное училище им. С. М. Кирова, в 2003 г. - окончил Военную академию Генерального штаба Вооруженных сил РФ.
Офицерскую службу начал в 1980 г. в Ленинградском военном округе (ЛенВО) командиром мотострелкового взвода. С 1984 г. служил в Заполярье, в 1990-х - начале 2000-х гг. был командиром 200-й отдельной мотострелковой бригады (пос. Печенга, Мурманская область).
В 2003-2004 гг. – командовал 19-й мотострелковой дивизией Северо-Кавказского военного округа (Владикавказ, Северная Осетия).
C сентября 2004 г. по октябрь 2008 г. - командующий Смешанными силами по поддержанию мира в зоне грузино-осетинского конфликта (состояли из осетинского и российского мотострелковых батальонов, дислоцированных в столице Южной Осетии г. Цхинвал, и грузинского батальона в приграничном селе Никози). Во время нападения Грузии на Южную Осетию командовал российскими миротворцами. После прекращения боевых действий и последующего признания Россией независимости Южной Осетии и Абхазии Марат Кулахметов руководил выводом миротворческих подразделений из буферной зоны грузино-южноосетинского конфликта.
3 октября 2008 г. был ранен в результате теракта у здания штаба российских миротворцев в Цхинвале.
С 2009 г. перешел на работу в Министерство иностранных дел РФ. С августа 2009 г. по май 2017 г. занимал должность советника министра иностранных дел РФ Сергея Лаврова по военно-политическим вопросам на Южном Кавказе, в Приднестровье, вопросам российского военного присутствия в Центральной Азии.
С 23 мая 2017 г. – чрезвычайный и полномочный посол РФ в Республике Южная Осетия. Сменил на этом посту Эльбруса Каргиева.
Генерал-майор (2001).
Имеет дипломатический ранг чрезвычайного и полномочного посла (2023).
Награжден орденами Почета (2008), Дружбы (2019), отмечен Почетной грамотой президента РФ (2011). Имеет югоосетинскую медаль "За службу на страже мира в Южной Осетии" (2008).
Владеет английским языком.