Родился 29 ноября 1920 г. в деревне Дубинкино Томской губернии (ныне Чулымский район Новосибирской области) в крестьянской семье.
В 1943 г. окончил Московский авиационный институт им. Серго Орджоникидзе (ныне Московский авиационный институт - национальный исследовательский университет), в 1951 г. - заочно Высшую партийную школу при Центральном комитете (ЦК) Всесоюзной коммунистической партии (большевиков).
В 1943 г. работал инженером-технологом, начальником группы технического отдела Новосибирского авиационного завода им. В. П. Чкалова.
С 1944 г. был членом ВКП(б) (с 1952 г. - Коммунистическая партия Советского Союза, КПСС).
В 1944-1949 гг. занимал различные посты в комсомольских организациях Новосибирска и области: был секретарем Дзержинского райкома комсомола Новосибирска, с 1946 г. – секретарем по пропаганде и агитации, с 1948 г. - первым секретарем Новосибирского обкома ВЛКСМ. В августе 1949 г. был снят с должности по обвинению в "троцкизме" и попытке "оторвать молодежь от партии".
С 1949 г. – лектор при Новосибирском горкоме КПСС, затем заведующий (по другим данным – заместитель заведующего) отделом в Новосибирском обкоме КПСС.
В 1953-1955 г. - начальник управления культуры исполнительного комитета Новосибирского областного Совета народных депутатов (Новосибирского облисполкома).
С 1955 по 1958 г. был заместителем председателя Новосибирского облисполкома.
В 1958-1959 гг. - первый секретарь Советского райкома КПСС Новосибирска.
В 1959-1961 гг. - секретарь Новосибирского областного комитета КПСС по идеологии.
В 1961 г. перешел на работу в аппарат ЦК КПСС в Москве. С 1961 г. был заведующим сектором, с 1962 г. - заместителем заведующего отделом пропаганды и агитации ЦК КПСС по РСФСР. В 1962-1964 гг. - заместитель заведующего отделом партийных органов ЦК КПСС по промышленности РСФСР. В 1964 г. вновь стал заместителем заведующего отделом пропаганды и агитации ЦК КПСС по РСФСР.
С 26 ноября 1965 г. по 29 апреля 1983 г. возглавлял Томскую область, будучи первым секретарем Томского обкома КПСС.
С 1966 г. - кандидат, с 1976 по 1990 г. – член ЦК КПСС.
В 1966-1989 гг. был депутатом Верховного Совета СССР VII-XI созывов, председателем комиссий Совета Союза (одна из двух равноправных палат ВС) Верховного Совета СССР по делам молодежи, законодательных предположений, по иностранным делам. В 1985-1989 гг. был депутатом Верховного Совета РСФСР XI созыва.
В конце 1970-х гг. секретарь ЦК КПСС Михаил Суслов предложил направить Егора Лигачева послом в Венгрию. Однако Лигачев написал личное письмо генсеку ЦК КПСС Леониду Брежневу, в котором отказался от дипломатической карьеры.
В апреле 1983 г. по инициативе генерального секретаря ЦК КПСС Юрия Андропова и при поддержке члена Политбюро ЦК КПСС Михаила Горбачева Лигачев был переведен на работу в Москву, где до июля 1990 г. занимал посты заведующего отделом организационно-партийной работы ЦК КПСС и секретаря ЦК КПСС (с 26 декабря 1983 г. по 2 июля 1990 г.). Сменил на этих постах Ивана Капитонова.
11 марта 1985 г. Егор Лигачев поддержал кандидатуру Михаила Горбачева на выборах генерального секретаря ЦК КПСС, заявив, что его "выдвижение <…> вызовет чувство гордости в нашем народе, поднимет авторитет Политбюро ЦК КПСС". Позднее способствовал переводу в Москву первого секретаря Свердловского обкома КПСС Бориса Ельцина.
В 1985 г. вошел в состав высшего политического руководства СССР - Политбюро ЦК КПСС. Член Политбюро с 23 апреля 1985 г. по 13 июля 1990 г. В 1985-1988 гг. в качестве секретаря ЦК КПСС отвечал за вопросы идеологии. Фактически был вторым лицом в партии после генсека Михаила Горбачева. В этот же период был одним из инициаторов и руководителей антиалкогольной кампании в СССР. В сентябре 1988 г. на пленуме ЦК КПСС Егор Лигачев был отстранен от ведения идеологических вопросов и утвержден председателем комиссии ЦК КПСС по вопросам аграрной политики.
С 1989 по 1991 г. - народный депутат СССР. Получил депутатский мандат по квоте КПСС, весной 1989 г. по итогам тайного голосования на пленуме ЦК КПСС был включен в список 100 депутатов от коммунистической партии.
На последнем ХХVIII съезде компартии (июль 1990 г.) был выдвинут на пост заместителя генерального секретаря ЦК КПСС, но проиграл выборы Владимиру Ивашко (за - 776 голосов, против - 3 тыс. 642).
В июле 1990 г. был снят со всех партийных постов и отправлен на пенсию. Являлся персональным пенсионером союзного значения (персональные пенсии в СССР устанавливались особой госкомиссией для лиц, имеющих особые заслуги перед советским государством в области "революционной, государственной, общественной и хозяйственной деятельности").
В декабре 1991 г. был одним из 397 народных депутатов СССР, подписавших обращение к президенту и Верховному Совету Советского Союза с предложением о созыве чрезвычайного Съезда народных депутатов. Предполагалось, что чрезвычайный съезд должен рассмотреть вопрос о неправомочности Беловежских соглашений по ликвидации СССР. Однако предложение союзных депутатов не было реализовано.
В 1992 г. выступал в качестве свидетеля на процессе по делу КПСС в Конституционном суде России (суд рассматривал законность указов президента РФ Бориса Ельцина о запрете и роспуске КПСС и компартии РСФСР), где заявил, что считает своей "самой большой кадровой ошибкой" участие в выдвижении Михаила Горбачева на пост генсека ЦК КПСС.
В 1993-2013 гг. Егор Лигачев был членом ЦК Коммунистической партии РФ (КПРФ), учрежденной в феврале 1993 г. как "идейный преемник" компартий СССР и РСФСР (лидер - Геннадий Зюганов).
Одновременно с 1993 г. являлся членом политисполкома, а в 1995-2001 гг. был заместителем председателя Союза коммунистических партий – Коммунистической партии Советского Союза (СКП-КПСС) Олега Шеина. В 2001 г. при расколе в СКП на сторонников Олега Шеина и председателя ЦК КПРФ Геннадия Зюганова поддержал лидера КПРФ. В СКП-КПСС под руководством Геннадия Зюганова в 2001-2005 гг. занимал пост заместителя председателя совета - секретаря совета СКП-КПСС. В 2005-2014 гг. - секретарь совета СКП-КПСС.
В 1998-2000 гг. - член контрольной комиссии Народно-патриотического союза России (председатель – Геннадий Зюганов).
В 1999-2003 гг. - депутат Государственной думы РФ III созыва. 19 декабря 1999 г. был избран по Томскому одномандатному округу №174 (выдвинут группой избирателей), набрал 22,18% голосов (второе место занял гендиректор Сибирского химического комбината Геннадий Хандорин с 21,97%). Входил во фракцию КПРФ, был членом комитета Госдумы по труду и социальной политике (до мая 2000 г.), затем - заместителем председателя комитета Госдумы по делам ветеранов.
В октябре 2018 г. отказался от предложения Общественной палаты Томской области включить его в список из десяти выдающихся соотечественников, чьи имена выбирали для голосования по присвоению нового названия томскому аэропорту Богашево.
Скончался 7 мая 2021 г. в Москве на 101-м году жизни.
Был награжден двумя орденами Трудового Красного Знамени (1948, 1967), орденом "Знак Почета" (1957), двумя орденами Ленина (1970, 1980), орденом Октябрьской революции (1976), медалями.
Являлся почетным гражданином Томской области
Автор книг "Загадка Горбачева" (1992; в 1993 г. издана на англ. языке в США), "Предостережение" (1999), "Кто предал СССР?" (2009) и др.
В 1945-1997 гг. был женат на Зинаиде Ивановне Зиновьевой, дочери репрессированного в 1937 г. начальника штаба Сибирского военного округа комдива Ивана Зиновьева. Сын - Александр (род. 1947) - доктор физико-математических наук, профессор, ведущий научный сотрудник Центра естественно-научных исследований Института общей физики им. А. М. Прохорова РАН.