Родился 11 сентября 1962 г. в Рамонском районе Воронежской области.
В 1984 г. окончил Пензенское высшее артиллерийское инженерное училище, в 2003 г. - Российскую академию государственной службы при президенте РФ, в 2006 г. - Российскую правовую академию Министерства юстиции РФ.
С 1979 по 1999 г. служил в Вооруженных силах СССР и РФ.
В 1999-2002 гг. возглавлял постоянное представительство Карачаево-Черкесской Республики при президенте РФ в Москве.
В 2002-2004 гг. - руководитель департамента материально-технического обеспечения Министерства юстиции РФ, в 2004-2006 гг. - директор департамента ресурсного обеспечения Минюста.
С 2006 г. - на службе в Генеральной прокуратуре РФ. В 2006 г. был начальником управления делами Генпрокуратуры РФ, в 2006-2011 гг. - начальником главного управления обеспечения деятельности органов и учреждений прокуратуры.
С 12 октября 2011 г. по 25 ноября 2025 г. занимал пост заместителя генерального прокурора РФ (в 2006-2020 гг. ведомство возглавлял Юрий Чайка, в 2020-2025 гг. - Игорь Краснов, с сентября 2025 г. пост генпрокурора занимает Александр Гуцан). В качестве заместителя генпрокурора Геннадий Лопатин курировал главные управления обеспечения деятельности органов и организаций прокуратуры, правовой статистики и информационных технологий, управление взаимодействия со средствами массовой информации и др.
С 2 декабря 2025 г. - генеральный директор Судебного департамента при Верховном суде РФ.
Государственный советник юстиции I класса (2011).
Награжден орденами Почета (2010), Александра Невского (2017), "За заслуги перед Отечеством" IV степени (2021), медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (2007), медалью П. А. Столыпина I степени (2012). Имеет почетные грамоты президента РФ (2012) и правительства РФ (2015).