Родился 3 апреля 1968 г. в Москве.
В 1992 г. окончил Государственный центральный ордена Ленина институт физической культуры (ныне - Российский государственный университет физической культуры, спорта, молодёжи и туризма) по специальности "тренер-педагог", в 2001 г. - Московский (ныне - Российский) государственный социальный университет по специальности "экономист".
В 2002 г. прошел профессиональную переподготовку по программе "государственное и муниципальное управление" в Российской академии государственной службы при президенте РФ (ныне - Российская академия народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ).
В 1986–1988 г. служил в Вооруженных силах СССР.
В 1990-х гг. работал в мэрии г. Москвы, занимался вопросами развития городских телевизионных систем и телекоммуникаций. В 1996-1999 гг. - главный специалист Управления координации исполнения социальной политики правительства г. Москвы.
В 1999–2006 гг. - генеральный директор компании "Мостелеком", специализирующейся на развитии городских телекоммуникаций.
С августа 2006 г. занимал должность советника генерального директора группы компаний "МТК Телеком".
В 2006–2009 г. был консультантом ряда западноевропейских компаний – телекоммуникационных операторов, производителей телекоммуникационного оборудования и программного обеспечения.
В 2010–2011 гг. – генеральный директор компании "Электронная Москва", занимавшейся развитием информационно-коммуникационной инфраструктуры Москвы.
С 13 ноября 2012 г. по 17 февраля 2015 г. занимал должность начальника департамента информационных технологий, связи и защиты информации МВД РФ.
С 17 февраля 2015 г. по октябрь 2017 г. - заместитель министра внутренних дел РФ Владимира Колокольцева по тылу.
27 октября 2017 г. Александр Махонов подал рапорт об отставке после возбуждения дела в отношении главного конструктора МВД Андрея Нечаева, который 18 октября был арестован по обвинению по ч. 3 ст. 285 Уголовного кодекса РФ ("Злоупотребление должностными полномочиями, повлекшее тяжкие последствия").
Член Межведомственной комиссии по защите государственной тайны (с мая 2015 г.).
Сумма декларированного годового дохода в 2016 г. составила 3 млн 681 тыс. руб., супруги - 42 тыс. руб.
Мастер спорта, неоднократный победитель и призер соревнований по академической гребле.
Женат, воспитывает дочь.