Родился 22 декабря 1955 г. в Москве в семье художников.
Образование, ученые степень и звание
В 1978 г. окончил исторический факультет Московского государственного университета (МГУ) им. М. В. Ломоносова.
Доктор исторических наук. В 1986 г. защитил кандидатскую диссертацию на тему "Население Восточного Прионежья в X-XIII вв.", в 1995 г. - докторскую диссертацию на тему "Колонизация северных окраин Древней Руси в XI-XIII вв.".
В 1997 г. Николай Макаров был избран членом-корреспондентом Российской академии наук (РАН), в 2011 г. - академиком РАН.
Научная и экспедиционная деятельность
В студенческие годы Николай Макаров заинтересовался одной из ключевых проблем начальной истории России - освоением Севера Восточной Европы. С конца 1970-х гг. начал участвовать в экспедиционных работах на Русском Севере.
После окончания МГУ был принят на работу в Институт археологии Академии наук СССР (ныне ИА РАН). С 1978 гг. - лаборант, с 1979 г. - старший лаборант, с 1983 г. - младший научный сотрудник, с 1986 г. - научный сотрудник, с 1991 г. - старший научный сотрудник. Впоследствии стал ведущим научным сотрудником института.
В 1981-1984 гг. - начальник Онежско-Сухонского отряда Северной экспедиции, в 1985-2003 гг. - начальник Онежско-Сухонской экспедиции Института археологии АН СССР/РАН. Участвовал в раскопках средневековых памятников в Вологодской и Архангельской областях.
В 1995-1999 гг. возглавлял отдел истории Российского гуманитарного научного фонда.
В 1999-2002 гг. - заместитель академика-секретаря отделения истории РАН по научно-организационным вопросам.
В 2001 г. был назначен начальником Суздальской экспедиции ИА РАН. В ее рамках исследования ведутся на территории Суздальского и Юрьев-Польского районов Владимирской области и Гаврилово-Посадского района Ивановской области.
В 2002-2003 гг. - главный научный сотрудник ИА РАН.
С 2003 г. является директором Института археологии РАН. В последний раз был утвержден в должности приказом Минобрнауки РФ от 15 июля 2021 г.
С 2010 по 2013 г. совершал поездки в Израиль и Палестину в связи с организацией раскопок российско-палестинской экспедиции и археологической экспозиции в музейно-парковом комплексе в Иерихоне.
С 2012 г. был заместителем академика-секретаря отделения историко-филологических наук (ОИФН) РАН.
Начатые в 2016 г. по инициативе и под руководством Николая Макарова исследования в Московском Кремле стали первым опытом проведения там систематических археологических раскопок, ориентированных на решение научных задач. В результате археологических работ были выявлены остатки утраченных построек Чудова и Вознесенского монастырей, Малого Николаевского дворца, зданий Старых и Новых Приказов. Академик Макаров стал куратором подземного "Музея археологии Чудова монастыря", экспозицию которого создали на основе археологических остатков, обнаруженных в ходе раскопок в 2016-2017 гг.
С 22 сентября 2022 г. - академик-секретарь ОИФН РАН.
С 28 сентября 2017 г. - вице-президент Российской академии наук.
Заместитель председателя Национального комитета российских историков, член президиума Российского исторического общества.
Главный редактор журнала "Краткие сообщения Института археологии РАН", член редколлегии журнала "Российская археология".
Вклад в науку
Николай Макаров - один из ведущих отечественных специалистов по археологии и истории Средневековой Руси и финно-угорских областей Восточной Европы, проблемам сохранения археологического наследия. Он разработал ряд ключевых вопросов истории Средневековой Руси, таких как хронология, пути и механизмы древнерусской колонизации Севера, этнокультурное взаимодействие славян и финнов в северных областях Восточной Европы, хозяйство и культура сельских территорий в домонгольское время, христианизация древнерусской деревни. Внес вклад в изучение формирования древнейшего ядра славянских поселений в Суздальской земле, ставших основным очагом древнерусской государственности и культуры на Северо-Востоке. Один из организаторов возрождения археологических съездов в России.
Публикации
Автор более 350 научных публикаций. Среди них монографии - "Население Русского Севера в ХI-XIII вв." (1990), "Русский Север: таинственное средневековье" (1993), "Колонизация северных окраин Древней Руси в XI-XIII вв." (1997), "Средневековое расселение на Белом озере" (2001, в соавт. с С. Д. Захаровым, А. П. Бужиловой), трехтомник "Археология севернорусской деревни X-XIII вв. Средневековые поселения и могильники на Кубенском озере" (т. 1 "Средневековые поселения и могильники" - 2007, т. 2 "Материальная культура и хронология" - 2008, т. 3 "Палеоэкологические условия, общество и культура" - 2009, в соавт. с С. Д. Захаровым, И. Е. Зайцевой, А. П. Бужиловой и др.) и др.
Ответственный редактор и автор ряда разделов монографии "Русь в IX-X вв.: археологическая панорама. Москва-Вологда. Древности Севера" (2012), редактор монографии "Археология Московского Кремля: Раскопки 2016-2017 гг." (2018). Ответственный редактор монографий "Древности Московского Кремля" (т. 1 "Археологические исследования на месте Чудова монастыря", 2022), "Археология Суздальской земли" (два тома, 2023). Под редакцией Николая Макарова и заведующего отделом средневековой археологии ИА РАН Владимира Коваля вышел сборник "Неизвестный Кремль: археологические исследования 2018-2021 гг." (2025).
Награды, звания
Николай Макаров награжден орденами "За заслуги перед Отечеством» IV степени (2021), Александра Невского (2024). Имеет благодарности президента России (2017) и правительства РФ (2025).
Лауреат Государственной премии РФ в области науки и технологий 2024 г. ("за большой вклад в археологическое изучение становления Российского государства и ранней истории Руси"), Демидовской премии (2023, "за выдающийся вклад в изучение истории России и новаторские археологические исследования").
Член-корреспондент Германского археологического института (с 2005 г.), Американского археологического института (с 2009 г.).