Родился 10 апреля 1956 г. в г. Архангельске.
В 1978 г. окончил Архангельский лесотехнический институт им. В.В. Куйбышева (ныне в составе Северного Арктического федеральный университет), в 1986 г. - Московский кооперативный институт (ныне Российский университет кооперации) по специальности "экономика торговли".
В 1998 г. прошел переподготовку в Северо-Западной академии государственной службы (ныне Северо-западный институт управления Российской академии народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ).
Кандидат экономических наук. В 1998 г. в Государственном университете управления защитил диссертацию на тему "Организационно-экономические аспекты управления проектом реализации программы экономического подъема региона. На примере Архангельской области".
В 1978-1982 гг. – механик гаража, заместитель председателя Вилегодского районного потребительского общества (райпо) Архангельской области. В 1982-1985 гг. - председатель правления Карпогорского райпо.
С 1985 г. по 1996 г. - заместитель, первый заместитель председателя правления, председатель правления Архангельского облрыболовпотребсоюза.
В 1996–2000 гг. - первый заместитель председателя правительства администрации Архангельской области, первый заместитель главы администрации - председатель правительства области Анатолия Ефремова.
С 1999 г. по 2001 г. – профессор, заведующий кафедрой "Государственное и муниципальное управление" Поморского государственного университета им. М.В. Ломоносова (ныне Северный Арктический федеральный университет).
На выборах 3 декабря 2000 г. баллотировался на должность губернатора Архангельской области. В первом туре набрал 34,26% голосов избирателей и вышел во второй тур. 17 декабря, в связи с тем, что в первом туре не один из кандидатов не набрал более половины голосов избирателей, состоялся второй тур. Николай Малаков получил 31,59%. Победу одержал действующий губернатор региона Анатолий Ефремов (58,50%).
В 2001–2002 гг. - заместитель главы администрации Ненецкого автономного округа Владимира Бутова, руководитель представительства округа при правительстве и Федеральном собрании РФ.
С 2002 г. по 2004 г. занимал должность заместителя руководителя департамента Минфина России.
В 2004–2012 гг. - начальник управления, исполняющий обязанности заместителя руководителя, заместитель руководителя Федеральной службы финансово-бюджетного надзора (Росфиннадзор) Сергея Павленко.
С 13 сентября 2012 г. по 29 января 2019 г. - заместитель министра культуры РФ Владимира Мединского. Координировал деятельность Департамента экономики и финансов ведомства.
С февраля 2019 г. по апрель 2020 г. Николай Малаков являлся генеральным директором Госфильмофонда РФ.
С 2013 г. входил в состав Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений.
Общая сумма декларированного годового дохода за 2014 г. составила 3 млн 295 тыс. 757 руб., у супруги – 646 тыс. 520 руб.
Действительный государственный советник РФ II класса (2015).
Награжден орденом Почета (2008), медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" II степени (1999). Отмечен благодарностью президента РФ (2006).
Женат, имеет двух дочерей.