Родился 6 января 1936 г. в г. Гватемала, столице Гватемалы.
Получил высшее юридическое образование в столичном Университете Сан-Карлос.
В 1956 г. начал работу советником в муниципалитете г. Гватемала.
В 1966-1970 гг. - депутат конгресса (однопалатный парламент) Гватемалы, где представлял Движение национального освобождения (ультраправая, антикоммунистическая политическая партия), выступавшее в оппозиции к правящей Революционной партии. Тогда же познакомился с будущим президентом Гватемалы Альваро Арсу Иригойеном (1996-2000 гг.) Одновременно в 1966 г. начал преподавательскую карьеру ассистентом на кафедрах криминологии и уголовного права в Университете Сан-Карлос.
В 1970 г. на президентских выборах в Гватемале одержал победу кандидат от Движения национального освобождения, генерал Карлос Арана Осорио. Мальдонадо Агирре был назначен на пост министра образования, который занимал до 1974 г.
В конце 1970-х гг. вместе с Арсу Иригойеном был исключен из Движения национального освобождения из-за сближения с Христианско-демократической партией (ХДП), основанной в 1955 г. в качестве легальной оппозиции военным режимам (которые после государственного переворота 1954 г. поочередно сменяли друг друга вплоть до 1985 г.)
В 1974-1976 гг. – постоянный представитель Гватемалы при штаб-квартире ООН в Нью-Йорке, в 1978-1980 гг. – постоянный представитель при Европейском отделении ООН в Женеве.
В 1982 г. участвовал в президентских выборах как кандидат от альянса Партии национального обновления и Христианско-демократической партии. Уступил претендентам от Демократического народного фронта Анхелю Анибалю Геваре (1-е место) и Движения национального освобождения Марио Сандовалю Аларкону (2-е место). Однако вскоре после выборов произошел очередной военный переворот, и к власти пришел генерал Хосе Эфраин Риос Монтт.
После того, как в 1983 г. правительство Риоса Монтта было свергнуто министром обороны Гватемалы Оскаром Умберто Мехиа Викторесом, в 1984 г. Мальдонадо Агирре был избран в Национальное учредительное собрание. Созыв учредительного собрания, которое должно было разработать новую конституцию страны, стал попыткой вернуть страну к демократии и перейти от военной диктатуры к гражданскому правлению.
В 1985 г. Агирре вновь принял участие в президентских выборах, заняв предпоследнее место в списке из восьми кандидатов. Победу одержал выдвиженец Христианско-демократической партии Марко Винисио Сересо Аревало.
В 1986-1991 г., при правительстве Сересо Аревало, Агирре впервые был назначен судьей Конституционного суда Гватемалы.
В 1991-1995 гг. - посол Гватемалы в Мексике. После этого занял должность министра иностранных дел (1995-1996 гг.).
В 1996 г., после избрания президентом Альваро Арсу Иригойена, Мальдонадо Агирре вновь вошел в состав коллегии Конституционного суда.
До 2015 г. его назначали судьей еще дважды. Деятельность Мальдонадо Агирре на этом посту подверглась критике за воспрепятствование судебному преследованию генерала Риоса Монтта, которого обвиняли в геноциде и преступлениях против человечности.
В первой половине 2015 г. в Гватемале разразился крупный скандал, связанный с обвинениями в причастности высокопоставленных чиновников к коррупции в таможенных органах страны. 8 мая 2015 г. подала в отставку вице-президент страны Роксана Бальдетти. 14 мая 2015 г. конгресс Гватемалы избрал Мальдонадо Агирре вице-президентом.
3 сентября 2015 г. президент Гватемалы Отто Перес Молина покинул свой пост, после того как парламент лишил его неприкосновенности, а генеральная прокуратура издала постановление об аресте. В тот же день Мальдонадо Агирре стал главой государства в соответствии с конституцией Гватемалы. Возглавлял страну до вступления в должность нового президента Джимми Моралеса 14 января 2016 г.
Автор ряда книг. Среди них – «Конституции Гватемалы» (Las constituciones de Guatemala), «Наша Конституция» (Nuestra Constitución), «Преступление и искусство» (El delito y el arte).
Женат, супруга - Ана Фахианни де Мальдонадо. Сын - Алехандро Балтасар.