Родился 27 мая 1975 г. в г. Ленинграде (ныне Санкт-Петербург) в семье педагогов.
Получил среднее профессиональное образование.
В 1994 г. вступил в ВЛКСМ (Всесоюзный ленинский коммунистический союз молодежи), позднее стал членом Российского коммунистического союза молодежи (РКСМ).
В 1995 г. стал членом КПРФ, занял пост секретаря Смольнинской комсомольской организации Центрального района Санкт-Петербурга.
С 1996 г. работал слесарем Научно-производственного объединения "Объединенные системы телекоммуникаций", затем начальником участка, бригадиром, сменным начальником стройки производства. Параллельно занимался комсомольской и партийной работой.\
В 1999 г. стал одним из учредителей Союза коммунистической молодежи (СКМ) РФ. До 2002 г. - секретарь ЦК СКМ РФ по международным связям.
В 2001 г. вышел из КПРФ из-за разногласий с руководством партии.
В 2003 г. был избран первым секретарем санкт-петербургского горкома партии "Коммунисты Петербурга", созданной на базе петербургского отделения Союза коммунистической молодежи РФ и некоторых районных отделений КПРФ. В 2005 г. стал председателем ЦК межрегиональной общественной организации "Коммунисты Петербурга и Ленинградской области".
В 2000 г. избран депутатом муниципального образования муниципального округа Смольнинский Санкт-Петербурга. Переизбирался в 2004, 2009, 2014 гг.
В 2000-х гг. работал заместителем генерального директора ООО "Юридическая фирма "Кун", позднее, в 2010-х гг. - начальником цеха заготовки ЗАО "Деави".
В 2009 г. занял пост секретаря ЦК общероссийской общественной организации "Коммунисты России".
В 2012 г., после преобразования организации "Коммунисты России" в одноименную политическую партию, был избран секретарем ЦК партии. Исполнительный секретарь ЦК КПКР. Заместитель председателя ЦК партии.
19 сентября 2021 г. избран депутатом Законодательного собрания Алтайского края по краевому избирательному округу по списку партии "Коммунисты России".
Участвовал во многих избирательных кампаниях в РФ. В частности, в 2016 и 2021 гг. баллотировался в Госдуму РФ VII и VIII созывов, в 2017 г. также шел на дополнительных выборах в Госдуму VII созыва по Брянскому одномандатному избирательному округу №77, однако депутатский манат не получил.
18 марта 2022 г. чрезвычайный съезд партии "Коммунисты России" во главе с Малинковичем принял решение снять с поста председателя ЦК Максима Сурайкина и исключил его из рядов партии "за системную дискредитацию КПКР и буржуазный образ жизни". Сергей Малинкович был избран новым председателем ЦК "Коммунистов России". В свою очередь Максим Сурайкин заявил о нелегитимности съезда и об отказе покидать пост лидера партии. 25 марта стало известно, что Министерство юстиции РФ подтвердило легитимность нового руководства партии во главе с Сергеем Малинковичем. 26 июня 2022 г. внеочередной съезд "Коммунистов России" избрал Сергея Малинковича новым главой партии.
11 сентября 2022 г. участвовал в выборах главы Тамбовской области, баллотировался от партии "Коммунисты России". Занял последнее - пятое - место с результатом 1,53%. Главой региона был избран врио руководителя области Егор Максимов ("Единая Россия", 84,95%).
Летом 2023 г. алтайское краевое отделение партии "Коммунисты России" выдвинуло Сергея Малинковича кандидатом от партии на выборы губернатора Алтайского края. На выборах 10 сентября 2023 г. набрал 4,17% голосов (4-е место из 4 кандидатов).
28 декабря 2023 г. партия "Коммунисты России" на съезде выдвинула Сергея Малинковича кандидатом на выборы президента РФ, назначенные на 17 марта 2024 г. 8 февраля 2024 г. Центризбирком отказал Малинковичу в регистрации кандидатом в президенты РФ из-за большого процента брака в предоставленных подписях в его поддержку.
8 сентября 2024 г. баллотировался на пост губернатора Санкт-Петербурга от партии "Коммунисты России". По итогам выборов занял четвертое место, набрав 8,06% голосов избирателей. Победу одержал действующий руководитель региона, кандидат от партии "Единая Россия" Александр Беглов (59,80%).
Автор исторического романа "Фанатики"(2009), публицистических статей по истории левых общественно-политических движений и др.