Родился 25 мая 1956 г. в гор. Находка (Приморский край). Мать Дина Дмитриевна Беляева работала врачом-педиатром. В 1957 г. она переехала с сыном в г. Ломоносов (Ленинградская обл. РСФСР, ныне город в составе Санкт-Петербурга), где Михаил окончил среднюю школу.
В 1977 г. Михаил Малофеев стал выпускником Ленинградского высшего общевойскового командного училища им. С. М. Кирова.
Служил в Вооруженных силах СССР командиром взвода, роты, начальником штаба батальона, затем на командных должностях в Группе советских войск в Германии, Закавказском и Туркестанском военных округах.
В 1989 г. окончил Военную академию им. М. В. Фрунзе, после чего получил назначение на должность командира батальона в Заполярье (Печенгский район Мурманской обл.). В дальнейшем последовательно служил заместителем командира полка, начальником штаба, командиром полка, заместителем командира дивизии.
В 1995 г. занимал пост командира 134-го гвардейского мотострелкового полка 45-й гвардейской мотострелковой дивизии (45-я МСД, пос. Каменка Ленинградской обл.) Ленинградского военного округа (ЛВО).
В 1995-1996 гг. принимал участие в операции по восстановлению конституционного порядка в Чеченской Республике (первая чеченская кампания).
В декабре 1997 г. Михаил Малофеев принял командование 138-й отдельной гвардейской мотострелковой Красносельской Краснознаменной бригадой ЛВО (была реорганизована из 45-й МСД). Позднее также занял должность заместителя начальника управления боевой подготовки ЛВО.
С 1999 г. участвовал в контртеррористической операции на территории Чечни (вторая чеченская кампания) в должности начальника отдела боевой подготовки 58-й армии Северо-Кавказского военного округа - заместителя командующего группировкой федеральных войск "Север".
14 января 2000 г. генерал-майору Малофееву было поручено разработать и провести силами батальона внутренних войск Министерства внутренних дел РФ специальную операцию по освобождению от участников незаконных вооруженных формирований консервного завода в г. Грозного. Этот комплекс имел важное значение для дальнейшего продвижения федеральных сил к центру Грозного.
17 января 2000 г. Михаил Малофеев прибыл на северо-западную окраину чеченской столицы и лично принял участие в операции. Посчитав, что после мощной огневой подготовки в одном из строений на территории завода не осталось живых боевиков, группа генерала Малофеева выдвинулась к зданию и заняла его. Однако там они столкнулись с вышедшими из подвалов участниками бандформирований. Михаил Малофеев героически погиб в завязавшемся бою, прикрывая отход подчиненных. Вместе с ним погиб сержант радист Александр Шараборин.
28 января 2000 г. Михаил Малофеев был похоронен с воинскими почестями на Никольском кладбище Александро-Невской лавры Санкт-Петербурга. На церемонии похорон присутствовали и. о. президента РФ премьер-министр Владимир Путин и министр обороны маршал Игорь Сергеев.
Указом Владимира Путина от 9 февраля 2000 г. генерал-майору Михаилу Малофееву было посмертно присвоено звание Героя Российской Федерации "за мужество и героизм, проявленные при ликвидации незаконных вооруженных формирований в Северо-Кавказском регионе".
Вдова Михаила Малофеева - Светлана Николаевна Малофеева. Дочь - Наталья, сын - Константин.